倭寇之患从明初以来就一直存在。朱元璋建立明朝的时候，日本正处于封建割据的南北朝时代。早在元顺帝至元二年（1336年），打进京都的足利尊氏废黜了后醍醐天皇，另立天皇，自任征夷大将军，设幕府于京都。后醍醐天皇南逃吉野，建立朝廷，史称南朝，在京都的朝廷被称为北朝。后醍醐天皇为了恢复王权，推翻幕府，派他的儿子在九州设征西府。除了南、北两个朝廷外，还有许多割据势力——守护大名。他们掠夺财富，除互相争战之外，还常常支持和勾结海盗商人骚扰和掳掠中国沿海地区，形成了元末明初的倭患。 朱元璋即位后，连续派使者到日本，以恢复两国关系，更重要的是为了消弥倭患。但由于日本处于分裂对抗状态，几次派使都毫无结果，倭寇侵扰日渐繁复。北起山东，南到福建，到处受到劫掠。洪武二十五年（1392年），北朝统一日本。南朝的武士、失意政客和浪人失去了依托，于是流落海上，盘踞海岛，形成了一股不小的力量，不时侵扰中国沿海，造成洪武末年日渐炽盛的倭患。
统一日本的足利幕府第三代将军足利义满，也想肃清南朝的残余势力，打击海上盗贼，同时也想发展与明朝的贸易，获取丰厚的利益。于是，两国恢复了关系。明成祖时，双方建立了勘合贸易关系，明朝给予足利幕府贸易凭证，即勘合，日本方面凭勘合来中国进贡，进行贸易。明朝发展与日本的关系，主要是为了消除倭寇对中国沿海地区的侵扰，足利幕府也积极剿捕倭寇。在足利义满死后，其子足利义持改变政策，双方勘合贸易中断，日本也不再剿捕倭寇，足利义满时期稍有收敛的倭寇劫掠又在中国沿海一带蔓延开来。
其后，在足利义教时期，中日勘合贸易又得以恢复。成化三年，即日本应仁元年（1467年），日本进入了战国时代，足利幕府衰弱，勘合贸易制度遭到破坏，一些守护大名为了争得与明朝贸易的权力，抢夺勘合，没有贸易勘合的大名便进行海盗活动，明嘉靖中叶以后，中日勘合贸易完全断绝，倭寇侵扰日益严重。
明初，由于国力强盛，重视海防设置，因此倭寇未能酿成大患。正统以后，随着明朝政治腐败，海防松弛，倭寇气焰便日益嚣张。正统四年（1439年），倭寇侵扰浙江台州的桃渚村，杀人放火，掘坟挖墓，甚至把婴儿束在竿上，用开水浇，看着婴心啼哭，拍手笑乐。倭寇的罪行，给中国人民带来了痛苦和灾难。
至嘉靖时期，随着东南沿海一带商品经济的进一步发展，对外贸易相当发达。沿海一带私人经营的海上贸易也十分活跃。一些海商大贾、浙闽大姓为了牟取暴利，不顾朝廷的海禁命令，和“番舶夷商”相互贩卖货物，他们成群分党，形成海上武装走私集团，有的甚至亡命海外，勾结日本各岛的倭寇，于沿海劫掠。这些海盗商人如王直、徐海等，与倭寇勾结，使得倭患愈演愈烈。同时一些明朝官僚也与这些寇盗建立了联系。嘉靖二十七年（1548年），明朝派朱绔巡抚浙江，兼提督福建军务，朱绔到任后，封锁海面，击杀了通倭的李光头等96人。朱绔的海禁触犯了通倭的官僚、豪富的利益，他们指使在朝的官僚攻击朱绔擅杀，结果朱绔被迫自杀。从此，罢巡视大臣不设，朝中朝外，不敢再提海禁之事。倭寇更加猖獗起来。