清兵入关后，对关内人口占大多数的汉人采取了高压的政策，汉人为了恢复自己的国家，而对抗清政府的高压统治自发开展了诸多民间运动。为了巩固对全中国的统治，清政府颁布了“剃发易服”等政策，使汉人被迫脱掉汉服而改穿满人服饰、强迫汉人发式改为满洲发式。面对汉人的激烈抵抗，清军在关内，尤其是江南等地展开多次屠城，如扬州十日、嘉定三屠、南昌大屠杀、江阴八十一日、广州大屠杀等。此外，清政府还通过文字狱对汉族文人进行迫害。 共13张 强迫剃发易服-断华夏衣冠
清朝为了对付汉人的一系列反抗活动，对天地会等反清复明集社的阻止，在关内推行了一系列迫害政策，对它认为“有反清复明思想”的人士进行逼迫，统治全中国期间与汉族进行此起彼伏的明争暗斗。在整个清朝时期，满族对于汉族保持着相当的戒心。在政治上采取怀柔与阻止进入高层的多种方式来进行打压汉人。汉人进行秘密结社，混同宗教，进行了多次地反抗。
顺治元年（1644年）清兵入关后，以多尔衮为首的满洲贵族为巩固满洲人对全国的统治，颁布“剃发令”，[1] 因引起汉族的不满和反抗，于是公开废除此令。顺治二年（1645年）清兵进军江南后，多尔衮下令再次颁发“剃发令”，规定：“全国官民，京城内外限十日，直隶及各省地方以布文到日亦限十日，全部剃发。”其执行口号是：“留头不留发，留发不留头”。在发布剃发令的同时，还颁布了“易服令”，顺治二年（1645年） 7月9日，清廷颁布“易服令”规定“官民既已剃发，衣冠皆宜遵本朝之制。”
汉族大部分生者都剃发结辫，改穿满族衣冠；坚持不愿改换衣冠者要么被杀，要么逃到海外，要么遁入空门，带发修行。虽然此举遭到汉族人民的强烈反对，以致发生了多次喋血惨案，但清统治者却始终如一地推行剃发易服制度。因为这对巩固清政权、维护其统治起到了非常重要的作用。[2] 剃发易服（图中汉服非唯一）
自从清兵入关之后，汉人拥立过一些明朝宗室，建立了一系列的地方割据政权，譬如弘光朝、鲁王监国、隆武朝、绍武朝、永历朝。但最终被清朝各个击破。 南明
1648年，南明永历帝朱由榔遣使臣出使罗马教廷，请求教廷出兵协助抗击清朝，并且带领皇室成员皈依天主教，当时确实获得在澳门的葡萄牙人武器上的帮助。但此次出使罗马并不顺利，且辗转十年之后教皇的回书才被卜弥格带到交趾（安南），自此下落全无，而此时南明已濒临覆灭。
明朝灭亡后，不少遗臣不愿臣服于清朝，流亡海外。例如朱舜水流亡日本，杨彦迪、陈上川、鄚玖流亡安南。中国出现了天地会、洪门等等一系列以反清复明为宗旨的组织。