由于居住地域广阔，赫哲人的自称较多。 《赫哲族风采》 陈玉先
过去，居住在今富锦市大屯以上松花江沿岸的人自称“那贝”；居住于今富锦市嘎尔当至街津口村的人自称“那乃”；居住于今同江市街津口村以下至乌苏里江沿岸的人自称“那尼傲”。这三种称呼中的“那”都是“本地”、“当地”之意，“乃”、“贝”、“尼傲”都是人之意。
此外，原居住在下八岔以下地区和乌苏里江沿岸的人被称为“赫真”或“赫吉斯勒”，意为“下游人”或“东方人”；原居住于勤得利以上混同江和松花江沿岸的人还自称“奇楞”。
“赫哲”是从“赫真”变音而来，是“黑斤”、“黑津”、“黑金”、“黑哲”、“赫斤”、“赫金”等名称的同音异写。“赫哲”作为族称最早出现于康熙二年（1663）三月 。1934年凌纯声《松花江下游的赫哲族》一书出版后，“赫哲”作为族称广泛传播[3] 。
赫哲人先民是肃慎族系的组成部分，历史上包含于肃慎、挹娄、勿吉等古代民族之中。
唐代和渤海国时期，赫哲族先民与黑水靺鞨有密切的渊源关系，是其构成之一。唐开元十年(722)，唐玄宗封黑水靺鞨首领为勃利州刺史。唐开元十二年(724)，唐于黑水靺鞨之地设黑水军，唐开元十四年(726)，在黑水靺鞨设黑水都督，以本地首领为都督、刺史，唐派长史监领，共同管理其地，赫哲族先民归属其内。
辽代，属于生女真北支的一部分。辽重熙六年(1037)，设五国部节度使，赫哲族先民归属其内。
金代属生女真人的一部分。金收国元年(1115)，在松花江下游设置胡里改路，赫哲族先民归属其内。
元代为女真水达达人的一部分。元代归属女直水达达万户府和女直水达达路等。
明永乐七年（1409），设奴儿干都指挥使司，赫哲族先民归属其内。明弘治年间始归辽东都司管辖。明代女真人分为三大系统，即海西女真、建州女真和野人女真，赫哲人是野人女真的重要组成部分。赫哲族先民的情况在此时逐渐清晰起来，各种文献对其描述也更为详细。至明末清初，赫哲先民从女真人中逐步分离出来，这为赫哲族共同体和民族认同意识的形成奠定了基础。明末，女真族再度崛起，而其推动力来自于建州女真。明初，建州女真主体胡里改部、斡朵里部、毛怜部分两路从松花江下游南下，经过分离、聚合，最后于明景泰初年会聚于浑河上源苏子河至婆猪江（今浑江）之间。16世纪末17世纪初，努尔哈赤逐渐统一了女真各部。1616年，努尔哈赤在赫图阿拉（今辽宁新宾）称汗，国号金，史称后金。海西女真原来亦居于松花江下游一带，明初逐步南迁，于16世纪30-70年代先后定居于辽河上游至松花江上游之间，形成哈达、乌拉、叶赫、辉发四部。