一般认为“巡抚”这一官职是明清时期的产物，但是有研究指出，“巡抚”一词最早出现于南北朝时期。[1]
南北朝时期就有“巡抚”之名，早在延和元年（432年），来大千随北魏太武帝北伐，大败柔然之后，太武帝以其勇猛、多有战功且熟悉北境险要，遂诏大千“巡抚六镇，以防寇虏”。稍后的景明元年（500年）五月，北魏宣武帝“以北镇大饥，遣兼侍中杨播巡抚赈恤”。与太武帝时期的武将来大千相比，此时的巡抚出现了由侍中之类的文官担任，并且行使的是赈灾职能。在南北朝时期，巡抚就已经初步具备了军事与民事这两项职能。此后依此例，时有派遣巡抚出巡边镇及赈灾抚民的情况，但并不普遍。唐代始设巡抚使，并且作为使职官正式存在。武则天时，狄仁杰以冬官侍郎，任江南巡抚使。然而在唐代巡抚使仍不常置，遍寻诸史，仅见三人担任过此职。在宋以前巡抚使出现的频率很低，远不如安抚使、宣抚使、招抚使等，只是偶尔见诸于史籍。宋代巡抚使是承袭唐代而置，又有所发展，且为明、清时期巡抚制度的完善奠定了基础。
明代巡抚制度萌芽于永乐年间，初创于宣德、正统时期，逐步发展于景泰至正德时期，到嘉靖年间基本确立。“巡抚”之名，起于洪武二十四年（1391年），明太祖派遣太子朱标巡抚陕西。然此次巡抚，并没有后来巡抚的性质，而仅仅是为了选择建都地点。永乐十九年（1421年）四月，明成祖派尚书蹇义等26人“巡行天下，安抚军民。”此次出巡的目的，与后来巡抚性质相似一一安抚军民，且派出的均是品级较高的文职京官，但此次出巡并未使用“巡抚”之名。因此，可将此次出巡视为巡抚制的萌芽，它为后来巡抚的设立奠定了基础。[2]
洪熙元年（1425年），宣宗派周干、胡概、叶春等人巡抚南直隶，正式以“巡抚”之名巡视地方，《明史》认为“设巡抚自此始。”但此次巡抚的范围仅局限于南直隶一地，且事毕即罢，属临时派遣。宣德五年（1430年）九月，明宣宗派遣于谦等6位侍郎巡抚各省，督理税粮及与税粮有关的地方事务，“谦抚河南，越府长史周忱抚江苏，吏部郎中赵新抚江西，兵部郎中赵伦抚浙江，礼部员外郎吴政抚湖广，刑部员外郎曹洪抚北截、山东。”此为各省专设巡抚之始。[2]
英宗即位后，由于社会矛盾尖锐激化，明政府往江西、湖广、河南、山东、陕西诸省及宁夏、甘肃、辽东诸边派驻文臣镇守，虽命“岁一更代”，但实际上却往往一驻几年或十几年，文臣出镇成为定制。这样，在巡抚之外，又有镇守，在一些地方出现了巡抚与镇守并设的局面。《明会典》将巡抚、镇守不加区别，均视作巡抚，曰：“初名巡抚，或名镇守。”尽管在天顺后，镇、巡合一，但在英宗即位到天顺二年这期间，二者是有区别的。一般而言，巡抚主要负责督理税粮，救济饥民，安抚百姓；镇守则负责军事事务。由于镇、巡设置重叠，各持救书，各行其事，政出多门，常常使地方有司无所适从，这说明巡抚制度在创设之初是不完善的。[2]