学校本部，设校长一名，首任校长是南云亲一郎少将，后由山田铁二郎继任。校部下设文、武两个系统。文官系统有教头（即教授之首）和下面各科所配设的教授；武官系统为学生队，学生队下面还设有各兵种的教官。学生编为连，各连设有连长、区队长，均无副职。
该校学期四年，前两年是预科，后两年入本科。预科毕业后不发毕业文凭，按所分兵种，分派到满洲国各部队去学习实际操作，名为“队附勤劳”。半年后从部队结业，方能回校入本科。到部队之初，授予上等兵军衔，学习汽车驾驶、修理等课程。以后每两个月晋级一次，6个月期满佩戴中士军衔回校入本科，称为军官候补生，这个军衔一直佩戴到毕业。毕业那天，改戴上士军衔，再到部队半年后，方能成为正式军官。
该校招生单独招生，不参与统考。学科考试与一般大学相同，共考七科，数、理、化、满语（汉语），日语、历史和地理。身体检查非常严格，由各省区军管区负责。体检包括内外科、神经科、五官科、泌尿科。
校部还有学生的档案、照片、指纹等。伪满军校的学生来源，除第三期、第六期从日本招来200名学生外，其余都是从伪满高中、“国高”毕业生中经过考试录取而招收的。共招收七期，毕业生只有第三期和第六期有日本留学生。第四期、第五期、第六期、第七期学生，因中国抗日战争胜利，满洲国寿终正寝，伪满军校也随之解体，因而未能毕业。
当时，学生的生活用品、饮食全部实行供给制，每人每月还可领到几元津贴（预科6元，本科9元）。被服齐全，其中衣服包括单夹棉衣、体操服、雨衣以及外出服装共十来套。
学校伙食与一般大专院校比起来，属于上中等。伙食以高粱米为主，有高粱米和大米合起来的“协和饭”以及白面、苞米面合起来蒸的馒头。蔬菜以青菜、豆类为主，鱼、肉比较少。少数日本学生则全部吃细粮，副食以鱼类及用豆油炸的“甜不辣”为主。
伪满洲国军校一切教材、教法、校内生活管理，全部搬用日本陆军士官学校的一整套教材和教育方法。学校教学内容共分两个部分，文科和术科。文科除了数理化日语、历史地理之外，还要学制图学，测量学，士兵心理学、化理学、兵器学、战略战术学等。术科就是专业课，预科统学步兵操典、马术、剑道、刺枪术、军事体操，本科按兵种设术科，工兵科设有筑城教范、渡河教范、爆破教范、植坑教范。文科教官大多是日本人，用日语讲，中国教官也得用日语讲课。术科教官主要是由区队长担任，个别科也有外请的教官。
据李亚韩老人回忆说，每逢假日，在长春街头一眼便可认出满洲国军校的学生。这些被学校培养的好勇善斗的学生们，常常在街头与满洲国警察打斗，他们常常有意寻衅；
据谭玉林老先生介绍，当时学校有个叫吕天的学生（后来在吉林市公安系统工作）。居然在校内成立了几十人的读书会，表面上就是大家聚一起读些课本交流一些心得，实际上是专门宣传反满反日的精神。