自清咸丰六年（1856年）起，多名法国神父曾先后提出在东亚地区某处兴建一间疗养院。
19世纪70年代初期，随着法国教会在东亚地区的传道工作取得成功，兴建疗养院以供传道会成员使用的时机渐趋成熟。
清同治十二年（1873年）1月，当时负责传道会在中国的行政工作的香港教区司帐奥塞神父（Pierre Marie Osouf）致函在巴黎的传道会议会干事，指香港无论在气候、建筑和营运成本，以及处理热带国家常见疾病的医学知识和技术等各方面，都比其他选址（例如越南西贡、马来亚或横滨）更胜一筹，是在东亚地区兴建疗养院的适合地点，而且薄扶林区位于港岛南面，地理位置优越，因而被视作兴建疗养院的理想地点。在巴黎的传道会议会干事对奥塞神父提出在薄扶林兴建疗养院的建议表示高兴，并在同年4月任命奥塞神父全权负责有关计划。两个月后，奥塞神父以3,000元在薄扶林购置了一幅面积为1,057,155平方呎（约24英亩）的土地，用作兴建伯大尼修院。伯大尼修院的设计图由奥塞神父绘画，工程由白德礼神父（Charles E. Patriat）监督。白德礼神父其后获委任为伯大尼修院首任院长。同年年底，伯大尼修院建筑工程展开。
清光绪元年（1875年），伯大尼修院正式竣工。 伯大尼修院旧图（约1910年）
清光绪二十二年（1896年），伯大尼修院第一次进行扩建，以应付愈来愈多患病传教士住院的需求。工程于翌年竣工，疗养院顶层加建了睡房，疗养院东北方亦建有新的餐厅大楼，与小教堂同向东面兴建。
20世纪，疗养院亦曾多次进行其他加建及改建工程，例如在20世纪20年代正门前面加建了庄严典雅并具有装饰艺术风格的哥德式门廊。东面的扩建部分则属包浩斯建筑风格，具有20世纪30年代典型的建筑特色。
民国三十年（1941年）至民国三十四年（1945年）日本占领香港期间，伯大尼修院被日军征用。战后，伯大尼修院跟香港许多其他幸存的欧洲式建筑物一样，只剩下空壳，并无任何家具遗留下来，甚至连浴缸也被拆除，而电力系统也被毁坏以盗取电线所用的铜。伯大尼修院的花园亦严重损毁，大部分树木均已枯萎。
民国三十八年（1949年）2月，伯大尼修院经翻新后重开，用作疗养院。
20世纪50年代，中国内地和亚洲一些国家的很多传教士被逐后，曾在伯大尼修院居住。
1961年，伯大尼修院在原有的结构上加建一层，屋顶改为平顶。
1974年，伯大尼修院关闭，并售予香港置地公司，其后由香港政府接管。自建成至关闭期间，伯大尼修院共接待了约6000名传教士，是法国天主教会在东亚地区从事传道工作的重要地点。[4] 1977年的伯大尼修院