1905年，于右任、邵力子等原震旦公学学生脱离震旦，拥戴马相伯在吴淞创办复旦公学。6月29日，原震旦学院教师于《时报》登载《前震旦学院全体干事中国教员全体学生公白》，是为“复旦”校名之始。校名撷取自《尚书大传·虞夏传》“卿云烂兮，纠缦缦兮；日月光华，旦复旦兮”两句中的“复旦”二字，本义是追求光明，表示不忘“震旦”之旧，寓含自主办学、复兴中华的意义。9月14日，复旦正式开学。 复旦公学成立批文
1911年，辛亥革命爆发，复旦学生多数参加革命军；加上经费停发，校舍又为光复军司令部占用，学校一度停办。12月中旬，校长马相伯、教务长胡敦复在无锡士绅支持下，借李瀚章大公祠为课堂，昭忠祠为宿舍，筹备复学。1905～1911年，复旦公学培养出四届高等正科，毕业生共57人。
1912年5月5日，南京临时政府教育部通告各省：大局初定，速令高等学校、专门学校开学。一时各校纷纷筹备复课，复旦则因校址无着，经费困难，束手无策。孙中山先生在听了临时政府交通部长于右任汇报后，当即决定拨补助金一万元。之后，复旦迁址徐家汇的李鸿章祠堂办学。 共7张 复旦大学
1913年3月1日，复旦重新开学。5月3日，上海学界公祭宋教仁。复旦公学派人布置灵堂，校长李登辉、教师邵力子、蒋梅笙等在会上慷慨陈辞。不久，爆发“二月革命”，但这次革命迅速失败。复旦校董中多人逃亡国外，学校经费补助又告断绝。李登辉校长千方百计地开源节流，师生共同努力，终于使学校收支趋于平衡。在这样克服困难的过程中，养成了复旦师生团结奋斗，精打细算，讲究效率的传统。
1912～1916年，共培养大学预科毕业生十五人，中学毕业生一百五十人。其中知名的有张志让、孙越崎等人。