1961年9月中共北京市委机关刊物《前线》杂志为“丰富刊物内容”“活跃气氛”“提高质量”开辟了一个专栏“三家村札记”，该专栏邀请北京市委书记处书记邓拓、北京市副市长吴晗、北京市委统战部部长廖沫沙三人合写，他们约定，文章以一千字左右为限，每期刊登一篇，三人轮流写稿。作者由三人取一个共同的笔名：吴晗出“吴”字，邓拓出“南”字（笔名“马南邨”），廖沫沙出“星”（笔名“繁星”），合称“吴南星”。
从1961年10月到1964年7月，“三家村札记”共发表了60多篇文章。这些文章的内容大部分以说古论今、谈天说地的形式，谈论思想修养、艺术欣赏等问题，个别篇章亦会应读者点题而作。其中一些篇章也批评了当时社会生活中的不良现象，对时弊有所讽喻。但这种批评与讽喻后来被认为是当作了“有步骤有组织有指挥”的政治行为，遭到批判。
1966年5月在江青策动下，通过《向反党反社会主义的黑线开火》（“高炬”，1966年5月8日《解放军报》）、《擦亮眼睛、辨别真假》（关锋化名“何明”，同前《光明日报》）和《评“三家村”》（姚文元，1966年5月10日《解放日报》）“三家村札记”遭到批判，该专栏被定性为“反党反社会主义的大毒草”，“有指挥、有组织、有计划有目的地为复辟资本主义、推翻无产阶级专政作舆论准备的”。一般人认为，批判者的真实动机意在指向这三人身后的北京市党政系统。从此之后“三家村”被认定为是“反党集团”。邓拓被认为是“黑店的掌柜和总管”，吴晗是“急先锋”。
对三家村的批判成为文化大革命的直接突破口。最终导致了北京市委的崩溃、改组及其随后一系列的政治变动终致刘少奇、邓小平的倒台。邓拓、吴晗也在不断升级的批判与迫害中含恨而死。
全国各地也都掀起了揪大大小小的“三家村”、“四家店”的浪潮，斗争矛头转而指向党政军领导干部和文艺、理论、新闻、出版界的知识分子身上。“三家村”成了“反党反社会主义黑线”的代名词，并流行一时，形成恐怖气氛。因此罹祸者甚众。连与文化无关的小单位，也要揪个“三家村”出来；否则就是“不抓阶级斗争”。
《人民日报》社论《横扫一切牛鬼蛇神》（1966年6月1日）写道：“剥削阶级的枪杆子被缴械了，印把子被人民夺过来了，但是他们脑袋里的反动思想还存在着”，“他们是不死心的”，“解放十六年思想文化战线上连续不断的斗争，直到这次大大小小‘三家村’反党反社会主义黑线的被揭露，就是一场复辟与反复辟的斗争。”更是以最高权威从政治上定调，一个思想治罪的网罗因此在全国范围内撒开：所有对现实稍有意见，或被领导、群众认为有不满情绪、不健康思想，常常撰文发表赚额外稿费引起嫉恨的人，那些喜欢合群、唱和的大大小小的文人，或普通爱好者，在当时都曾被冠以“三家村”的帽子。