原为瓜拉尼族印第安人居住地。
16世纪以前，圭库鲁人活动在西巴拉圭，以渔猎为生；瓜拉尼人生活在东巴拉圭，从事农业生产。
1537年，西班牙人在巴拉圭河与皮科马约河汇合处建立第一个殖民点亚松森。此后，沦为西班牙殖民地。
16世纪末，划归秘鲁总督管辖。
1776年，并入拉普拉塔总督区。
1811年5月14日，宣布独立，成立巴拉圭共和国。
1862年，弗朗西斯柯·洛佩斯的总统父亲老洛佩斯去世，他接过了父亲手中的权杖，继任巴拉圭总统。1864年～1870年，弗朗西斯柯·洛佩斯以一个内陆小国巴拉圭，对巴西、阿根廷、乌拉圭3国同盟的战争，是南美洲最大的战争。有的历史学家把这场战争称作近代战争与现代战争的分水岭。这场战争使用了步枪、机关枪、高爆炸药、大炮等现代武器，电报、侦察用的热气球也投入使用。很多后来在一战中使用的武器和装备，已经在这场战争中亮相。1865年5月1日，巴西、阿根廷和乌拉圭在布宜诺斯艾利斯秘密签订共同反对巴拉圭的三国同盟条约，并组成三国同盟联军。1866年，巴西换掉了陆军元帅米特尔，由加西亚接任。在他接任时，巴西军队在8个月内仅仅前进了15英里。加西亚没有急于进攻，而是用了8个月做攻击的准备，同时也让海军方面下决心把最昂贵的舰艇调来专对付巴拉圭人的水雷和岸上的炮火。他精心地布置了一个计划，通过向东大迂回绕过了巴拉圭人的防御工事。1868年5月，他终于完成了对巴拉圭人的核心要塞虎美塔的包围。洛佩斯不得已率领大部队突破重围，仅留下很少士兵守城。靠着每天不停地炮击，联军终于在13个月后攻陷了这个要塞。
1932～1935年，巴拉圭同玻利维亚为争夺北查科地区的石油资源而发生查科战争，巴拉圭获胜，占领争议地区约3/4的土地。
1954年5月4日，军人斯特罗斯纳伙同红党右翼发动政变上台，实行军事独裁长达35年。