清乾隆二十六年（1761），清朝在彻底平定准噶尔部后，鉴于地理位置的重要性，遂在该山东麓科布多城设立参赞大臣，隶于管辖以阿尔泰山为中心的蒙古高原西部及准噶尔盆地北端的额尔齐斯河流域，直至斋桑泊的近40万平方千米的广大地区。至同治三年（1864），科布多参赞大臣辖地四至：东临奇勒稽思泊（今吉尔吉斯湖）、扎布噶河、喀拉泊（今哈腊湖）与同属乌里雅苏台治下的札萨克图汗部相接；南、西南以拜山、哈布山（今北塔山）、乌伦古河、额尔齐斯河、斋桑泊、直至铿格尔图喇（今乌斯季卡缅诺哥尔斯）。
阿尔泰地方原属科布多参赞大臣管辖，居民主要是蒙古乌梁海、土尔扈特与和硕特部族。其东为科布多所属之额鲁特旗，西北为阿尔泰淖尔乌梁海，西南与新疆塔尔巴哈台为邻。
1864年以后，俄国通过不平等《中俄勘分西北界约记》《中俄科布多界约》《中俄伊犁条约》《中俄科塔界约》割占了阿尔泰淖尔乌梁海和阿尔泰乌梁海西部的土地，阿尔泰北部成为与俄国接壤的边境地区。同时条约规定，“地面分在何国，人丁即随地归为何国管辖。嗣后倘有由原住地方越往他处者，即行拨回，免致混乱”。但是，居住在被割让地区的大批哈萨克人不愿被俄国统治，陆续潜回中国伊犁、塔城界内。[1] 新疆各地相继爆发混乱。塔城的厄鲁特蒙古人陆续逃往科布多境内的布伦托海（今福海县）避难。同时，由俄国迁回塔城的哈萨克人越来越多，无处安置。朝廷令统领塔城蒙古兵的藏族喇嘛棍噶札拉参来到阿尔泰山招集流民，并向科布多借地，在阿尔泰乌梁海一带安置蒙古、哈萨克与汉人流民。所借地域的大体范围是“东至罕达噶图河，西至哈巴河，南至额尔济斯河北岸，北至阿尔泰山山脊，周匝七百馀里。”
1870年，棍噶札拉参率众在克兰河沿岸修建喇嘛庙，同治皇帝赐名为承化寺，即今阿勒泰市建城之始。棍噶札拉参驻守阿尔泰期间，收抚哈萨克、蒙古民众，“捍卫边圉，剿除土寇，屡奏厅功，俄人惮之”。
光绪初年清军收复新疆后，塔尔巴哈台为安置哈萨克部落，不愿将借地归还。经科布多反复交涉，朝廷同意其收回阿尔泰山。