菌肥亦称生物肥、生物肥料、细菌肥料或接种剂等，但大多数人习惯叫菌肥。确切地说，生物肥料是菌而不是肥，因为它本身并不含有植物生长发育需要的营养元素，而只是含有大量的微生物，在土壤中通过微生物的生命活动，改善作物的营养条件。
土壤由矿物质、有机质和微生物三大部分组成，是农作物生长发育的基础。土壤中的有益微生物直接参与土壤中物质和能量的转化、腐殖质的形成和分解、养分的释放。氮素的固定等一系列土壤肥力形成和发育过程。采用人为方式向土壤中增加有益微生物数量，就能够增强土壤中微生物的活性，从而提高土壤的肥力。特别是农作物根际土壤微生态系的微生物活性对植物根部营养则更为重要，因此，在植物根际施用微生物肥料，就可以增加根际土壤中的有益菌的数量和活性，导致土壤肥力的增强。
1、生物激素刺激作物生长。多孢菌菌肥中的微生物，无论在其发酵过程（可理解为微生物的自身繁殖过程），还是在土壤内的生命活动过程中，均会产生大量的赤霉素和细胞激素类等物质，这些物质在植物根系接触后，会调节作物的新陈代谢刺激作物的生长，从而使作物产生增产效果。 使用效果
2、以邪压正，减轻病害。菌肥中在植物根系大量生长、繁殖，从而形成优势菌群，这样就抑制和减少了病原的入侵和繁殖机会，起到了减轻作物病害的功效（可以形象理解为“以邪压正”了）。
3、刺激有机质释放营养。丰富的有机质通过微生物活动后，可不断释放出植物生长所需要的营养元素，达到肥效持久的目的。
4、松土保肥、改善环境。丰富的有机质还可以改善土壤物理性状，增加土壤团粒结构，从而使土壤疏松，减少土壤板结，有利于保水、保肥、通气和促进根系发育，为农作物提供适合的微生态生长环境。
市场上出现的各种生物肥料，实际上是含有大量微生物的培养物。它们可以是粉剂或颗粒，也可以是液体状态。将它们施到土壤里，在适宜的条件下进一步生长、繁殖，一方面可以将土壤中某些难于被植物吸收的营养物质转换成易于吸收的形式，另一方面可以通过自身的一系列生命活动，分泌一些有利于植物生长的代谢产物，刺激植物生长。含固氮菌的菌肥还可以固定空气中的氮素，直接提供植物养分，各种菌肥能固定的氮素数量十分有限。 菌肥
1、育苗：采用盘式或床式育秧时，可将生物菌肥拌入育秧途中堆置三天，再装入育苗盘和育苗钉。营养钵育苗时，先将生物菌肥均匀拌入育苗土中，再装入营养钵育苗时。因育苗多在温室或塑料棚中进行，温湿度条件比较好，易于微生物繁殖生长，用量可比田间基肥的小一些。
2、基肥（底肥）：生物菌肥用量少，单施不易施匀，覆土之前易受阳光照射影响效果，有风天又会发生被风吹跑的问题。因此，用作基肥时在施用有机肥条件下，应将金宝贝微生物菌肥与有机肥按1：500—1.5：500的比例混匀，用水喷湿后遮盖，堆腐3-5天，中间翻到一次后施用。施用时要均匀施于垄沟内，然后起垄；如不施用有机肥，以1千克生物肥拌30-50千克稍湿润的细土，均匀施于垄沟内，然后即起垄覆土，注意与化肥隔开使用。在水田或旱田也可以均匀撒施于地表，然后立即耙入土中，不能长时间暴露在阳光下暴晒。