与原按经费性质设置的支出类、款、项科目相比，政府支出功能分类科目能够更加清晰地反映政府各项职能活动支出的总量、结构与方向，具体变化有五个方面：
一是分类范围完整，即涵盖预算内外所有政府支出；
二是分类标准统一，即统一按支出功能分类，确保集中、直观地反映政府职能活动；
三是科目设置明细，充分体现预算细化、透明的要求；
四是充分考虑国情，能给有关方面的管理与改革提供便利；
五是与国际口径衔接，便于比较和交流。
值得注意的是，在现行预算管理方式不变的情况下，一般支出预算、基金支出预算、预算外支出预算等还将分别编制。但是，由于新的政府支出[1] 功能分类具有统一性，我们可以对上述分别编制的预算进行汇总，从而形成全部政府支出的概念。
支出功能分类主要反映政府各项职能活动及其政策目标。根据社会主义市场经济条件下政府职能活动情况及国际通行做法，将政府支出分为类、款、项三级。其中，类、款两级科目设置情况如下：
一般公共服务
分设32款：
人大事务
政协事务
政府办公厅（室）及相关机构事务
发展与改革事务
统计信息事务
财政事务
税收事务
审计事务
海关事务
人事事务
纪检监察事务
人口与计划生育事务
商贸事务
知识产权事务
工商行政管理事务
食品和药品监督管理事务
质量技术监督与检验检疫事务
国土资源事务
海洋管理事务
测绘事务
地震事务
气象事务
民族事务
宗教事务
港澳台侨事务
档案事务
共产党事务
民主党派事务
群众团体事务
彩票事务
国债事务
其他一般公共服务支出。
外交
分设8款
外交管理事务
驻外机构
对外援助
国际组织
对外合作与交流
对外宣传
边界勘界联检
其他外交支出。