康正三年（1457年），奉京都足利幕府之命，武藏国川越城（今埼玉县）城主上杉定正始建江户城；由于关东平原被山和海所环绕，上杉定正的家臣太田道灌将此处选为城址。
天正十八年（1590年），德川家康受封进入江户城。
庆长八年（1603年），随着德川家康在此建立幕府，江户成为了日本的政治、经济中心。
明治元年（1868年）1月，明治天皇击败江户幕府军，废除幕府制度。同年，明治天皇及其维新派军队进入江户府，改江户府为东京府；自此，东京府成为了日本的首都。
明治十一年（1878年），划伊豆诸岛归东京府管理。
明治十三年（1880年），划小笠原诸岛归东京府管理。
明治二十二年（1889年）5月1日，析东京府中心地区，设东京市，辖15区；府、市共存。
明治二十六年（1893年），三多摩地区从神奈川县划归东京府。
明治年间（1868年—1912年），东京府、东京市进行维新改造，使用砖块和石块建造房屋，并用鹅卵石铺设道路。
大正十二年（1923年）9月，关东大地震将东京市中心地区夷为焦土，超14万人死亡或失踪，30万栋房屋被毁。
昭和十八年（1943年），受第二次世界大战影响，撤东京府、东京市，设东京都。
第二次世界大战末期，东京都共受到102次空袭，人口锐减。战争结束后，东京都启动重建计划。
昭和二十二年（1947年），日本实施新的地方自治制度，选举产生东京都首任知事。