南朝齐永明六年（488年），置北流郡，因圭江流向由南而北而得名，无属县。 北流城区航拍
南朝梁（502—557年），北流郡改称北流县，是北流县行政建制之始。北流县宋、齐属越州，梁、陈属合州。
隋，属合浦郡，大业二年（606年），废陆川县建置并入北流县。
唐武德四年（621年），北流县析置北流、陵城、扶来三县，复置陆川县，均属铜州（治所北流）辖地，贞观元年（627年），属容州。乾封二年（667年），北流增置罗卞县（治所今六靖长江村）。总章元年（668年），又增置峨石县（治所今隆盛香圩村）。新增之两县及扶来县属禺州，北流、陵城属容州。
宋开宝五年（972年），撤销峨石、扶来、罗卞、陵城四县，其地并入北流县，属容州都督府普宁郡辖地。
元至元十六年（1279年），北流为容州路总管府辖地。
明洪武十年（1377年），北流县改隶梧州府郁林州。
清顺治八年（1651年），北流改属梧州府。雍正三年（1725年），改属郁林直隶州。 光绪六年（1880年）《北流县志》所载的北流地图（城市全图）
民国元年（1912年），北流属郁林府。民国2年撤郁林府，设立郁江道，北流为其属县。民国三年（1914年），改郁江道为苍梧道，北流属之。民国十五年（1926年），广西省政府成立，废除道制，北流直属省府。民国十九年（1930年），北流属郁林民团区。民国二十一年（1932年），北流属梧州民团区。民国二十三年（1934年），民团区改为行政监督区，北流属梧州行政监督区。25年，置浔州行政监督区，北流属之。同年，增设郁林行政监督区，北流属之。民国二十九年（1940年），郁林行政监督区改为第六行政督察专员兼保安司令公署（简称第六区），北流属之。民国三十一年（1942年），原第三、五、六区合并为第三区，北流属之。民国三十六年（1947年），北流、郁林等6县划出，新置第九行政督察区（简称第九区），北流属之。
解放后，仍称北流县，属郁林专区。