目前精神分裂症的发病机制和影响因素还不是十分明确。研究表明遗传、大脑结构、妊娠问题以及后天环境，共同激发了精神分裂症的发展。
大脑结构和神经递质
在精神分裂症患者中，大脑结构存在细微的病理变化，以及一些神经功能上面的缺陷。尽管这些变化也可能见诸于没有疾病的人身上，但精神分裂症明确存在大脑和神经障碍。
作为传令官，神经递质负责为脑细胞鸿雁传书，最容易出问题的神经递质包括多巴胺、5-羟色胺，以及其它一些神经递质，神经递质之间活动不平衡了，或者身体对神经递质的敏感性变质，容易发作疾病。
遗传因素
遗传因素被认为是精神分裂症发病的危险因素，但是其确切的遗传模式还不清楚。基因并非影响精神分裂症出现的唯一因素，拥有问题基因并不代表一定患上精神分裂症。
比如同卵双胞胎，如果其中一个患上精神分裂症，另外一个1/2的机会会患上精神分裂症。对非同卵双胞胎而言，当其中一个患上精神分裂症，另外一个只有1/7的机会发展为这种疾病。
妊娠和分娩问题
主要包括：低出生体重，早产，出生时缺氧、窒息，母亲孕期感染，父亲年龄过大等。
患精神分裂症的人在出生前、出生期间，可能曾经经历上述种种，这些因素对大脑发育会产生微妙的影响。
环境因素
环境因素会加重症状，或引发精神分裂症的发生风险。主要包括：
丧亲；
失去工作或家；
离婚、失恋
遭遇身体、性或情感虐待；
药物滥用，或在青少年、青年或成年期间服用精神活性药物。药物本身，并不会直接导致精神分裂症，但药物滥用会增加患病风险。某些药物，特别是大麻、迷幻剂、安非他命等，可能触发易感人群的精神分裂问题，或者让早期发作后恢复的人再次复发。