1557年（明嘉靖三十六年）出生于莱芜李条庄。1598年（万历二十六年）考中进士，初任荆州、淮安二府推官，专管刑狱，因能公平执法，无冤案和积压案件，于万历三十五年受朝廷勅命褒奖。后升礼科给事中。万历四十年，他和同僚赵兴邦两次弹劾礼部侍郎翁正春考场徇私，翁正春转官以待归养。由于其在礼科给事中任上能忠于职守，积极纳谏，秉笔直言，稽查违误，受到勅命褒奖，然后转为吏科给事中。万历四十三年山东大旱，一岁皆空，千里如扫，饥民流离失所，盗者蜂起。万历四十四年，亓诗教奉差归里，见此惨状，上《饥民疏》，论述饥荒为盗发的根源，要求朝廷发放国库银十万两，并从上交税银中留十万两，再免去山东六郡包税二万三千两，约计二十三万两，得到朝廷批准，救活灾民无数，平息了荒乱。后升为翰林院提督四夷馆太常寺少卿。万历末年，亓诗教与知县胡士奇共同编纂《莱芜县志》。[1]
亓诗教为官期间陷入明末党争之中。公元1614年（万历四十一年），方从哲入阁为相，依附者众多。亓诗教为方从哲门生，齐党首领，自然春风得意，一直持续到万历四十七年。其间齐、楚、浙三党权倾朝野，炙手可热。万历四十八年，给事中惠世扬、程诠相继弹劾方从哲，方从哲被迫辞官后，齐楚浙三党之魁失去靠山，相继引去，作为齐党之首的亓诗教于天启元年三月乞归故里。熹宗继位后，东林党得到重用，齐楚浙三党的一些重要成员不断受到东林党的弹劾追论。其间宦官魏忠贤取得司礼监秉笔太监的重要职位，他内结王体乾、李承贞，外结亓诗教推举的方从哲的老乡冯佺，权势日盛，把持朝政。天启四年，方从哲的老乡冯佺在魏忠贤亲信鲁生的极力推荐下登上相位。天启五年九月，亓诗教被冯佺召回京城，升为都察院右佥都御史，随后巡抚河南等处地方，并提督军务，兼理河道，一直外放。天启六年仲夏，亓诗教自开封抱病而归。思宗继位后，清洗阉党，亓诗教被列入逆案，赎徒为民。他回乡后隐居城南苍龙峡，著有《饥民疏》《清闲词》《胡公去恩碑》《石痴居士传》《石痴诗集序》等文留世，约在崇祯末年去世，葬在苍龙峡西侧。[1]
万历四十五年，明廷为其父亓三顾在城南夹谷山（今笔架山）前立“天恩重赐坊”，在莱城西厢为其立“都宪坊”。[1]
明末官僚机构中因地缘关系结成的政治派系，浙党、齐党、楚党的合称。明中叶以后，严重的政治统治危机和财政危机，加深了社会矛盾，同时也使统治阶级内部矛盾日趋激烈。万历三十三年(1605)被罢官的吏部郎中顾宪成回到家乡无锡后，与高攀龙等讲学於东林书院，讽议时政，要求改良政治，以缓和统治危机，得到在野及部分在朝士大夫的呼应，形成了一种颇有影响的政治势力，被代表大地主集团的反对派称为东林党。在顾宪成罢官同年，浙江宁波人沈一贯入阁成为大学士，几年后任首辅，他纠集在京的浙江籍官僚，结成东林党的反对派，被称作“浙党”。此外，朝中官僚组成的东林党的反对派还有“齐党”(以亓诗教籍贯山东而得名)，“楚党”(以官应震、吴亮嗣籍贯湖广而得名)。以及“宣党”、“昆党”等，也都是以地缘关系结成的党派。浙党势力最大，齐党、楚党皆依附於它，联合攻击东林党，以排除异己为能事，故合称“齐楚浙党”。东林党与他们展开了激烈的斗争。党争始於争国本，既而争“梃击”、“红丸”、“移宫”三案，绵延数十年。对立双方还都利用每六年一次的京察作为排挤打击对方的手段，使明末考核京官的制度成为党争的工具。万历三十三年东林党人、都御史温纯和吏部侍郎杨时乔主持京察，贬谪浙党官员钱梦皋、锺兆斗等，沈一贯从中阻挠。三十九年北京京察驱逐齐楚浙党官员，而南京京察主持在齐楚浙党人手中，又大肆贬谪东林党人。四十五年浙党主京察，也大肆斥逐东林党人。浙党当政时期腐败无能，直接导致了萨尔浒之战的失败。天启三年(1623)东林党人主京察，又尽逐齐楚浙党。宦官魏忠贤得势后，齐楚浙党大多投靠其门下，形成阉党，怂恿魏忠贤残酷镇压东林党人，编造黑名单《点将录》、《天鉴录》、《同志录》等，兴起党狱，企图将东林党人一网打尽。崇祯即位后，虽除掉魏忠贤，但阉党势力仍存於朝中，继续排斥东林党人，直至明亡。