中华人民共和国成立初期，中国人民解放军在华北医科大学、长春医科大学、西北人民医药专门学校、第二野战军医科大学、华东军区人民医学院，以及接收地方的南京大学医学院、南昌医学院等的基础上，组建了7所军医大学。1954年，合并为4所。1958年，长春第一军医大学移交地方。1962年，齐齐哈尔医学院划归军队建制，改称齐齐哈尔军医学院，1970年迁至广州，1975年改称第一军医大学。
此后，军队长期保留着4所军医大学：
第一军医大学，驻广州市；
第二军医大学，驻上海市；
第三军医大学，驻重庆市；
第四军医大学，驻西安市。
2004年，第一军医大学移交地方。
军医大学机关编有训练部、政治部、校务部和科研部。内设基础部、专业系、附属医院和相应教研室。其中，第二军医大学的海军医学系、第三军医大学的高原军事医学系、第四军医大学的航空航天医学系为军医大学所独有，体现了鲜明的军事医学特色。另外，第二军医大学和第四军医大学编有研究生院。第四军医大学还编有护理系，承担全军卫生士官培训任务。
三所军医大学在专业设置上特色鲜明，优势互补。除开设临床医学、药学、口腔医学、护理学、中医学、卫生事业管理等地方医科大学常设专业外，还开设有空军临床医学、海军临床医学和高原医学专业，培养满足部队需求的军事医学人才。军医大学在教学计划、教学大纲和课程设置中突出军队特色，开设军事理论和军事技能训练课程，强化卫生勤务学、军队卫生学、军队流行病学、三防医学、野战内外科学等军事医学学科的教育。
分为学历教育和任职教育两大类。学历教育包括博士研究生、硕士研究生、本科、专科4个层次，学制分为2年、3年、4年、5年、7年、8年等；任职教育包括各级卫生技术人员培训、地方大学生入伍培训、专业职务晋升培训、在职干部轮训和各类指令性短训班等多个层次，学制从15天到1年不等。另外，第二军医大学还承担着外训任务，每年为外军培养一定数量的卫生专业技术人才。
军医大学招生对象为应届高中毕业生和高中文化程度的士兵，学员毕业后分配至部队卫生机构、医院、疗养院、门诊部、疾病预防控制中心、医学科研单位等。2005年，军医大学开始招收无军籍学员，入学时没有军籍，毕业分配到部队后办理入伍手续。⑤学科建设。三所军医大学都是学士、硕士和博士学位授予单位，设有基础医学、临床医学、药学、口腔医学、公共卫生与预防医学、生物学等博士后流动站。其中，第二军医大学的肝胆外科、胸心外科、免疫学等学科，第三军医大学的野战外科、烧伤外科、防原医学等学科，第四军医大学的神经解剖学、消化内科、口腔医学等学科，都在全国乃至世界医学界享有较高声望。