80年代初，由于大型计算机等科研项目的需要，中华人民共和国政府开始研制自主的计算机操作系统COSIX，但由于投入不足及缺少应用软件支持等原因并不成功。
80年代末，个人电脑开始进入中国。当时包括中国政府部门的在内的所有个人电脑几乎全部是安装的微软的Dos操作系统。1992年海湾战争和1999年北约入侵南斯拉夫联盟科索沃地区时，成功运用信息战瘫痪了对方几乎所有通讯系统。这使得中国政府很多人认为，由于伊拉克和南联盟各部门使用的计算机操作系统100%是微软和其它外国公司的操作系统，虽然没有证据说明美[1] 国的计算机软件公司和通讯公司在这场信息战中向美国军方提供了某些后门或计算机病毒，但如果有自己独立的计算机操作系统及相应的软件，在信息战中将比较不容易受到攻击。于是中国科学院软件研究所奉命研制基于自由软件Linux的自主操作系统，并于1999年8月发布了红旗Linux 1.0版。最初主要用于关系国家安全的重要政府部门。
2000 年6月，中国科学院软件研究所和上海联创投资管理有限公司共同组建了北京中科红旗软件技术有限公司，信息产业部于2001年3月通过中国电子信息产业发展研究院（CCID）北京赛迪创业投资有限公司向该公司注资，使其总注册资金达到96万美元。中科红旗董事长由中国科学院软件研究所副所长、红旗Linux项目负责人孙玉芳教授出任。其总部设在北京市海淀区万泉河路68号，紫金大厦6层。约有120名员工，其中70%为开发人员和技术支持人员，据称其中有相当多的研发人员来自Linux社区的内核人员或骨干力量。
2014年8月，大连五甲万京信息科技产业集团(以下简称“五甲万京”)在北京召开小规模的媒体沟通会，宣布该公司以3862万元收购中科红旗。[2]
随着Linux进入关键行业的计算环境，用户对系统的要求也越来越严格。为了满足这种不断增长的要求，中科红旗对服务器操作系统产品线进行了全新的优化，推出了红旗Linux 服务器4 系列产品。该产品包含了众多的研发成果，进一步体现了红旗服务器操作系统在管理性、可用性、可靠性和扩展性上的优势。
作为红旗Linux服务器4系列的核心产品，Red Flag Advanced Server 4.1（红旗高级服务器4.1）的定位是企业级的网络和应用服务器。该产品可运行在带有2～32路CPU的SMP架构和最大64GB内存的IA架构服务器上。它提供了标准Linux网络服务，并能稳定运行业界主流的商业应用。此外，该产品还可以作为完整的Linux软件开发平台。