民国三十四年（1945年）10月台湾正式归还。国民党政府接管台湾，考虑到地方自治的需要，乃将日本统治时期的五州三厅，改为八县，并将日本统治时期的11市改为9省辖市、2县辖市。
县政府于民国三十五年（1946年）1月12日正式成立，县政府设于花莲市中山路。
民国三十五年（1946年）4月，花莲区的寿乡更名为寿丰乡、研海乡更名为新城乡；凤林区的西新社乡更名为丰滨乡。
民国三十五年（1946年）7月31日，撤销花莲区。
民国三十五年（1946年）9月16日，玉里区的太平乡更名为卓溪乡。
民国三十五年（1946年）10月1日，士林乡更名为秀林乡。
民国三十六年（1947年）3月6日，凤林区设立光复乡，由凤林镇及瑞穗乡各划一部分增设。
民国三十七年（1948年）1月1日，吉野乡更名为吉安乡。
民国三十七年（1948年）1月15日，撤销凤林区。
1950年，太平乡改称为卓溪乡。
1950年台湾省调整各县市行政区域，其中花莲县行政区域照旧。
1958年6月1日，万里乡更名为万荣乡。[1] 共2张 太鲁阁峡谷
截至2009年，花莲县治花莲市，辖1市2镇10乡：花莲市；凤林镇、玉里镇；新城乡、秀林乡、吉安乡、寿丰乡、光复乡、丰滨乡、瑞穗乡、万荣乡、卓溪乡、富里乡。县治设在花莲市。[1]