萧耀南,字珩珊。湖北黄冈县仓子埠(今武汉市新洲县孔埠区)人。1875年3月（一说1877年）[1][2] 生。他出身寒微,家境清贫。祖父做过乡村塾师,父萧元亭曾以贩卖鳝鱼为生,后充货郎。萧耀南幼年曾就读于乡间启蒙馆,及长赴县考两次未中,但因“挂过水牌”,得以在乡间充启蒙馆塾师。任教期间,“每年所得束脩费仅二十余贯钱,不足以赡家”。他二十岁上与当地女子苏氏成婚,婚后生活更加拮据。他慨叹:“曷如效彼班超,投毛锥而事戍伍,纵弗侯封万户,亦何致不能资生!”遂拿苏氏平日纺的十几两线卖钱做了盘缠,经自赴武昌第八镇工兵营当了一名士兵。
1900年,萧耀南考入张之洞创办的湖北将弁学堂,在三年受学期间深得教官哈汉章的赏识。毕业后,萧入护军左旗充第二营哨官,翌年兼充帮办及护军左旗随营学堂教员。1906年5月,萧耀南得军谘副使哈汉章的引荐,入陆军练兵处任一等科员,翌年改任军谘处第一司一等科员;1907年7月,入陆军学堂第二班肄业,同班同学有伍文渊、阮肇昌、李景林等人。
1909年,萧耀南入军谘处总务厅,任一等科员,不久补升科长。同年冬,萧被派至北洋第三镇统制曹锟处任正参谋官。因他恭顺寡言,且有一定的办事能力,颇得曹锟信赖,1910年兼任第三镇第九标第三营管带。辛亥革命爆发后,曹锟所部移驻西娘子关镇压燕晋联军,萧被擢升为第十二标标统。1912年初,南北议和达成协议,孙中山主张定都南京,袁世凯不愿南下;当南京迎袁专使到达北京时,曹锟在袁世凯的唆使下于2月29日在北京制造“兵变”,以乱兵纵火抢劫,通宵达旦,为袁拒绝南下制造借口。此次事变,萧耀南始终参与其谋。袁世凯任大总统后,第三镇易名第三师,调赴北京保卫京畿,曹锟任师长,萧耀南任第三师参谋长。袁对北洋军中的南方人加以清除,萧原也在清除之列,后由于曹锟向袁力保而得于其位。1913年,萧调任第九团团长,因赴河南镇压白朗起义“有功”,授陆军少校衔。翌年,袁世凯任命曹锟为长江上游警备司令,驻兵岳州,监视南方革命力量,萧再为曹锟重用,升任总司令部参谋长。1915年末,袁世凯接到云南独立的警报后,命曹锟督师入川,帮助陈宧镇压护国军,萧随曹入川,与护国军交锋。袁命第三师扩军,曹锟成立五营卫队,萧耀南改任卫队统领。6月,袁世凯在举国一片唾骂声中死去,黎元洪继任大总统,曹锟利用萧耀南与黎元洪同乡的关系,经萧耗费六十多万元向黎之左右游说,终于替曹谋得直隶督军的重要职位。随后,曹的第三师开赴直隶驻保定,并扩军成立三个混成旅,萧耀南任直隶第三混成旅旅长。 萧耀南
1917年7月,张勋复辟失败,段祺瑞组阁。孙中山为维护革命成果,在广东成立护法军政府,南北双方再次形成对峙局面。段祺瑞派曹锟为南征总司令,以吴佩孚代理第三师师长。当时湖南督军谭延闿曾动员湘军第二师北伐,段祺瑞闻报,即电吴师开入长沙,阻止南军;萧的第三混成旅此时也为吴佩孚所辖,随驻衡阳、祁阳一带。曹锟企望在南北战争中争得副总统一职,因而积极内战,于次年将其部队全部拉出,移向鄂南,萧耀南的混成旅也在其中;曹同时任命吴佩孚为直军前敌总指挥。不久,北军又一次攻入湖南。