萧耀南，字珩珊。湖北黄冈县仓子埠(今武汉市新洲县孔埠区)人。1875年3月（一说1877年）[1][2] 生。他出身寒微，家境清贫。祖父做过乡村塾师，父萧元亭曾以贩卖鳝鱼为生，后充货郎。萧耀南幼年曾就读于乡间启蒙馆，及长赴县考两次未中，但因“挂过水牌”，得以在乡间充启蒙馆塾师。任教期间“每年所得束脩费仅二十余贯钱，不足以赡家”。他二十岁上与当地女子苏氏成婚，婚后生活更加拮据。他慨叹:“曷如效彼班超，投毛锥而事戍伍，纵弗侯封万户，亦何致不能资生!”遂拿苏氏平日纺的十几两线卖钱做了盘缠，经自赴武昌第八镇工兵营当了一名士兵。
1900年，萧耀南考入张之洞创办的湖北将弁学堂，在三年受学期间深得教官哈汉章的赏识。毕业后，萧入护军左旗充第二营哨官，翌年兼充帮办及护军左旗随营学堂教员。1906年5月，萧耀南得军谘副使哈汉章的引荐，入陆军练兵处任一等科员，翌年改任军谘处第一司一等科员；1907年7月,入陆军学堂第二班肄业，同班同学有伍文渊、阮肇昌、李景林等人。
1909年，萧耀南入军谘处总务厅，任一等科员，不久补升科长。同年冬，萧被派至北洋第三镇统制曹锟处任正参谋官。因他恭顺寡言 且有一定的办事能力，颇得曹锟信赖，1910年兼任第三镇第九标第三营管带。辛亥革命爆发后，曹锟所部移驻西娘子关镇压燕晋联军，萧被擢升为第十二标标统。1912年初 南北议和达成协议，孙中山主张定都南京，袁世凯不愿南下；当南京迎袁专使到达北京时，曹锟在袁世凯的唆使下于2月29日在北京制造“兵变”，以乱兵纵火抢劫，通宵达旦，为袁拒绝南下制造借口。此次事变，萧耀南始终参与其谋。袁世凯任大总统后，第三镇易名第三师，调赴北京保卫京畿，曹锟任师长，萧耀南任第三师参谋长。袁对北洋军中的南方人加以清除，萧原也在清除之列，后由于曹锟向袁力保而得于其位。1913年，萧调任第九团团长,因赴河南镇压白朗起义“有功”，授陆军少校衔。翌年，袁世凯任命曹锟为长江上游警备司令，驻兵岳州，监视南方革命力量，萧再为曹锟重用，升任总司令部参谋长。1915年末，袁世凯接到云南独立的警报后，命曹锟督师入川，帮助陈宧镇压护国军，萧随曹入川，与护国军交锋。袁命第三师扩军，曹锟成立五营卫队，萧耀南改任卫队统领。6月,袁世凯在举国一片唾骂声中死去，黎元洪继任大总统，曹锟利用萧耀南与黎元洪同乡的关系，经萧耗费六十多万元向黎之左右游说，终于替曹谋得直隶督军的重要职位。随后，曹的第三师开赴直隶驻保定，并扩军成立三个混成旅，萧耀南任直隶第三混成旅旅长。 萧耀南
1917年7月，张勋复辟失败，段祺瑞组阁。孙中山为维护革命成果，在广东成立护法军政府，南北双方再次形成对峙局面。段祺瑞派曹锟为南征总司令,以吴佩孚代理第三师师长。当时湖南督军谭延闿曾动员湘军第二师北伐，段祺瑞闻报，即电吴师开入长沙，阻止南军；萧的第三混成旅此时也为吴佩孚所辖，随驻衡阳、祁阳一带。曹锟企望在南北战争中争得副总统一职，因而积极内战，于次年将其部队全部拉出，移向鄂南，萧耀南的混成旅也在其中；曹同时任命吴佩孚为直军前敌总指挥。不久，北军又一次攻入湖南。