随着第三纪和早更新世疣猴类的研究,一般认为金丝猴的起源与欧亚晚中新世至上新世时期的中猴(Mesopithecus)和Doliehcpithecus有关,中猴是最老的疣猴类,分布在欧洲的中、南部。而根据化石的研究,早期的金丝猴可能来自中国秦岭地区的蓝田金丝猴,通过欧洲中猴和秦岭地区蓝田金丝猴的地理分布可以发现,在上新世至早更新世期间,古气候和古环境的变化导致欧亚哺乳动物群的发生了迁徙,从而导致金丝猴的祖先从欧洲迁徙到中国秦岭[12] 。

通过线粒体基因组序列研究得出,728万年前,仰面猴属与与其他怪鼻猴发生分化。237万年前,越南金丝猴与其他仰鼻猴属分化。199万年前,其他仰鼻猴属分化为川、黔金丝猴姊妹群和滇、怒金丝猴姊妹群。175万年前,川、黔金丝猴姊妹群分化为川金丝猴和黔金丝猴。24-60万年前,滇、怒金丝猴姊妹群分化为滇金丝猴和怒江(缅甸)金丝猴[13] 。

1988年,彭燕章等人依据头骨特征将金丝猴分为川、滇、黔金丝猴三个独立的种,其中滇、川金丝猴最早分离,川、黔金丝猴居中,最后分离是滇、黔金丝猴,分离时间少于2.5百万年[14] 。1997年,张亚平等人通过对DNA序列的对比研究,认为滇金丝猴、川金丝猴、黔金丝猴和越南金丝猴均为独立的物种[15] 。2010年初,野生动植物保护国际组织在缅甸发现金丝猴新物种,2011年在中国云南省怒江傈僳族自治州片马地区拍摄到活动影像,中国灵长类专家组组长龙勇诚将其命名为怒江(缅甸)金丝猴[16] 。

1872年,A. Milne-Edwards将金丝猴命名为Rhinopithecus[11] 。

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