福建历史上有前旗后旗之说，前旗山在连江有旗福寺，后旗山在闽侯有万佛寺。
本寺系伽蓝菩萨感应道场，现存有伽蓝菩萨灵签。古人云：祈梦要到福清石竹山，抽签就到连江湖里找旗山。沧海桑田，旗福寺几经兴废。昔日之兴盛，不见原貌。透过现存文物如石槽，石臼，柱座，青瓦等。据寺内遗留下的石槽推断，鼎盛时期寺内曾容有近三百僧人，可见先前本寺香火之兴旺，佛法之兴盛。几经岁月轮回，沧桑变化，一度夷为平地，但佛光普照，崇奉者甚多。几度兴废，
文革期间更是惨遭破坏，寺院荡然无存。时逢盛世，改革开放。国家对宗教政策重新落实认定，为保存古迹，提倡宗教信仰自由，发扬宗教优良传统。在有识乡人倡导下，海内外热心人士慷慨解囊，于二000年动工重建，二00一年闰五月大雄宝殿，宿舍竣工，二00七年天王殿落成。完成了本寺重建第一期工程。
本寺住持法贤法师自二00八年九月入寺主持以来对大雄宝殿及天王殿内部进行装修，新做佛龛，供桌等。并于次年开始第二期重建工作。于二00九年完成山门，菩提广场，成佛大道的工程及客堂，五观堂的装修布置和部分场地绿化美化工作。于二0一0年完成观音殿，观音山，露天弥勒佛，一行阁，公厕及附属工程。
二0一五年为新建钟楼，鼓楼，伽蓝殿，财神殿，福缘楼（内含五观堂，客堂，会议室，接待室，宿舍，客房等），至今藏经阁，法堂，卧佛殿，地藏殿等建设装修已接近尾声！寺院在法师住持管理下，现有各地僧人二十余人，常住居士多位，当地居士近百名。