金龟总科中最早出现的昆虫为粪食性和腐食性类群，锹甲科（Lucanidae）大约出现在15亿年前，而红金龟科（Ochodaeidae）和皮金龟科（Trogidae）则出现在约1.4亿年前。随后出现的是植食性的鳃金龟亚科（Melolonthinae），大约在8700万年前出现。大约在5600万年前，粪食性的蜣螂亚科（Scarabaeinae）迅速繁衍，而蜉金龟亚科（Aphodiinae）则出现在5300万年前。随着开花植物的出现，植食性的花金龟亚科（Cetoniinae）在4700万年前出现，犀金龟亚科（Dynastinae）出现在3800万年前，丽金龟亚科（Rutelinae）则出现在1500万年前[19] 。
1753年，瑞典博物学家林奈（Linnaeus）在其著作《自然系统》第1版中根据金龟子的鳃叶状触角首次提出了Sarabaeus属，其后他在《自然系统》的第10版中对该属进行了确立，并得到其他学者的认可，该属也成为金龟总科的雏形。随后则是丹麦昆虫学家法布里修斯（Fabricius）、法国动物学家拉特赖勒（Latreille）等人对金龟子从认识到根据形态识别进行补充和完善，并在此基础上，形成了初步的分类系统[18] 。
1848年，德国昆虫学家埃里克森（Erichson）根据金龟子腹部气门着生的位置，将金龟子分为侧气门系和上气门系两大系统，进一步加强了鳃角类的三科——黑蜣科（Passalidae）、锹甲科、金龟科（Scarabaeidae）的分类格局。1945年，法国昆虫学家波利安（Paulian）将鳃角类划分为皮金龟科、棘角金龟科（Acanthoceridae）、驼金龟科（Hybosoridae）、粪金龟科（Geotrupidae）、金龟科（下设9亚科）、黑蜣科及锹甲科7科系统。1955年，英国昆虫学家克劳森（Crowson）提出了6科系统，包括黑蜣科、锹甲科、皮金龟科、棘角金龟科、粪金龟科、金龟科（下设8亚科）。1977年，法国昆虫学姐拉布洛科夫-克恩佐里安（Lablokoff-Kknzorian）又提出黑蜕科、锹甲科、毛金龟科（Pleocomidae）、棘角金龟科、皮金龟科、金龟科（下设18亚科）的6科系统。中国科学院昆虫学家章有为提倡将鳃角类甲虫归为单一的金龟总科，下设侧气门系与上气门系。侧气门系包括黑蜣科、拟锹甲科（Sinodendridae）、锹甲科及腐食型的粪金龟科、皮金龟科、驼金龟科、蜉金龟科（Aphodiidae）及金龟科。上气门系包括植食型的绒毛金龟科（Glaphyridae）、鳃金龟科（Melolonthidae）、臂金龟科（Euchiridae）、犀金龟科（Dynastidae）、花金龟科（Cetoniidae）、斑金龟科（Trichiidae）及胖金龟科（Valgidae）共17科[6] 。