约在150万至3.5万年前生活于印度尼西亚群岛，称之为爪哇猿人。智人约于4.5万年前进入该地区。
公元3—7世纪建立了一些分散的封建王国。有记载的的朝代包括信奉佛教的室利佛逝（7世纪中叶—1293年），后被麻喏巴歇征服；控制马六甲海峡的新柯沙里王国（1222—1292年），引发了元爪战争，之后王室借助元朝军队在爪哇建立了印尼历史上最强大的麻喏巴歇封建帝国（1293—1478年）。
15世纪，葡萄牙、西班牙和英国先后侵入。1596年荷兰侵入，1602年成立具有政府职权的“东印度公司”，1799年底改设殖民政府。
1942年日本占领印尼，1945年日本投降后，印度尼西亚八月革命爆发，1945年8月17日宣布独立，成立印度尼西亚共和国。
印度尼西亚独立后，先后武装抵抗英国、荷兰的入侵，发动了三次独立战争。1947年后，荷兰与印尼经过多次战争和协商，于1949年11月签订印荷《圆桌会议协定》。根据此协定，印尼于同年12月27日成立联邦共和国，参加荷印联邦。
1950年8月印尼联邦议院通过临时宪法，正式宣布成立印度尼西亚共和国，同一年印尼成为联合国第60个成员国。1954年8月脱离荷印联邦。
1967年，印尼与马来西亚、菲律宾、新加坡和泰国成立了“东南亚国家联盟”（ASEAN，简称“东盟”），东盟已经拥有10个成员国，印尼是最具影响力的成员之一。[3]