软体动物的海产种类个体发生中为螺旋型卵裂，且具有担轮幼虫，排泄器官为后肾管，这些特点均与环节动物尤其是多毛类近似。故有理由认为软体动物和环节动物在系统发生中有着共同的起源，在长期进化中，朝着不活动的生活方式发展，因而体节消失，产生了贝壳，运动器官和神经感官均趋于退化。软体动物中单板纲、无板纲及多板纲较为原始，这几类的次生体腔发达，近似梯式神经；有的体呈蠕虫形，无壳，许多器官如鳃、肾、外壳等显不出分节排列现象。这些原始性状的存在认为它们接近软体动物的原始祖先，各自独立发展一支。
腹足类较为原始，其生活方式活跃，头部发达。瓣鳃纲生活方式不活动无头，但原始种类具盾鳃，足部具趾面，这与腹足纲接近。掘足纲头不明显，套膜在胚胎时为2片，后才愈合呈筒状，成对的肾，脑神经节与侧神经节分开，这些表明接近于原始的瓣鳃类、但掘足类无鳃，无心脏，贝壳筒形，又显示与其他纲动物在演化上较为疏远，可能是较早分出的一支。头足纲为一古老的类群，起源早，化石种类多。它们生殖腔与体腔相通，似无板纲；个体发生中在胚胎早期无肾，似多板纲和无板纲；生殖导管来源于体腔导管又似多板纲。由于头足纲其有原始软体动物的特点说明它们与软体动物的原始种类接近。但头足纲有机结构，复杂神经系统高度集中，且为软骨质包围；眼的结构似脊椎动物，基本为闭管式循环系统；直接发生，无幼虫期。由于头足纲既有原始性状，又有高度的进化特征，故推测它们可能很早分出的一支，沿着更为活跃的生活方式发展的一个独立的分支。
位于身体前端。一些行动迟缓的原始种类头部不发达，仅有口，与身体没有明显的界限，如石鳖等；一些穴居或固着生活的种类体躯完全包被于外套膜和贝壳之内，头部退化，如蚌类、牡蛎等；一些比较进化、运动敏捷的种类头部发达，分化明显，生有触角和眼等感觉器官，如田螺、蜗牛及乌贼等。
足部是位于身体腹侧的运动器官，随生活方式不同呈现不同形式：有的种类足部蹠面平滑，适于在陆地或水底爬行，如腹足纲；有的种类足部呈斧刃状，有利于挖掘泥沙，如瓣鳃纲；有些固着生活的种类足退化，如牡蛎科；也有些种类足部萎缩，失去了运动功能，但有足丝腺，能分泌足丝，用以附着在外物上生活，如贻贝科、扇贝科等。在头足纲，足生于头部，有的特化成腕，上面生有许多吸盘，为捕食器官，并有一部分变态成漏斗，适于游泳生活，如乌贼和章鱼等。少数种类足的侧部（即侧足，parapodium）特化成片状，可游泳，称为翼或鳍，如翼足目（Pteropoda）。足部通常生有平衡器，有些种类在足的上部生有许多触手。[2]
软体动物的生殖系统由生殖腺、生殖输送管、交接器和一些附属腺体构成。生殖腺由体腔壁形成。生殖输送管内端通向生殖腺腔，外端开口于外套腔或直接开口于体外。软体动物有雌雄异体和雌雄同体之分。雌雄异体的种类包括多板纲、绝大多数的前鳃亚纲和瓣鳃纲、头足纲等，它们有的通过交尾受精，有的将生殖产物分别排到水中受精。雌雄同体的种类包括无板纲、后鳃亚纲、肺螺亚纲以及少数的前鳃类和瓣鳃纲，它们大多通过交尾受精。 软体动物各纲模式图