1998年2月23日，网景公司建立了Mozilla Organization（Mozilla组织），让它来协调Mozilla Application Suite的开发。尽管基金会主要由网景公司的员工组成，但是理论上，它是独立于网景公司运作的。Mozilla组织声称他们主要开发用于测试目的的Mozilla浏览器，这个浏览器不适合直接为最终用户使用。这个举动导致了Beonex Communicator的成立，这个组织提供最终用户适用的版本（但是，大多数用户还是直接去下载“官方”的Mozilla套件）。 Firefox 的图标
当美国在线（AOL，网景母公司）完全地从Mozilla组织中撤出后，Mozilla基金会在2003年7月15日成立了，它的目的是保证Mozilla可以在没有网景以后能继续生存下去。美国在线帮助了Mozilla基金会的成立，它向基金会转移了硬件和知识产权，并且在最初的3个月里雇用了一个3人小组来帮助这次过渡。美国在线并且承诺在2年时间内捐助200万美元给基金会。
2023年12月14日消息，Mozilla推出名为Solo的全新项目，面向没有任何编程经验的用户，通过融入AI能力，所创建的网站可以媲美专业开发者的开发效果。[3]
2025年5月8日，Mozilla 与北京火狐达成一致，北京火狐将不再运营 Firefox 浏览器及任何与 Firefox 有关的中国大陆业务。北京火狐将于2025年9月29日后，正式终止与 Mozilla 及 Firefox 浏览器相关的中国大陆运营。[4]
在2005年8月3日，Mozilla基金会建立了一个完全拥有的子公司叫Mozilla公司来继续开发和发布Mozilla Firefox和Mozilla Thunderbird。Mozilla公司承担软件发行的计划，市场和一些软件分发相关的活动。它也处理一些商业合作，很多这些合作都带来收入。不像Mozilla基金会，Mozilla公司是一个应税实体，这给它在追逐收益以及其他商业活动带来了更多自由。
Mozilla基金会的董事会有7个成员