病因作用于机体使疾病发生以后，疾病便作为一个运动发展的过程不断向前演变、推移，经过一定的时间或阶段后，最终趋于结束，这便是发病学（Pathogenesis）所要研究的问题。因此，疾病发展、经过的全过程应当包括它的最终的结局，即疾病的转归，包括恢复健康和死亡。
发病学，以研究疾病发生和发展及其转归规律为主要内容。整体观则是中医发病学的基本观点。发病学的整体观是整体观念在研究疾病发生、发展规律这一过程中的具体应用。整体观念是中医学的特点之一，它主要强调了人体本身的统一性、完整性及其与自然界的相互联系。整体观念将人体视为一个有机整体，体内的脏腑组织在结构上和功能上密不可分，相互为用，病理状态下相互影响；同时还认识到人体与自然环境是相互协调、密切相关的。上述整体关系的失衡、破坏，就会导致疾病的发生。
1. 人体完整性的破坏是疾病发生的关键
人体是有机的整体。构成人体的脏腑、组织、器官具有各自不同的功能，如心主血脉，藏神明；肾主藏精，司开合；胃主受纳腐熟等等，而这些功能各异的活动相互协调、支持、制约，就是正常人体的整体功能。这一功能，可以用正气来表达，即各脏腑、经络、气血等功能旺盛，同时会产生相当强的抗病能力和自身康复的能力。人体的整体活动，是在心的统一主持下由各脏腑、组织、器官、经络、气血共同完成的。因此，《素问·灵兰秘典论》说：“主明则下安，主不明则十二官危”。“凡此十二官者，不得相失也”。
整体功能失调是疾病发生的内在因素。中医发病学的观点，重视人体自身功能，《素问·刺法论》将其概括为：“正气存内，邪不可干”。正气就是指脏腑、经络、气血的功能活动及由此产生的抗病能力、康复能力。整体功能紊乱，机体内部的平衡失调，其抗病能力必然下降，各种致病因素会乘虚而入，所谓“邪之所凑，其气必虚”。如果构成人体的某一脏腑组织发生损害，由此也会导致全身功能的协调统一破坏，影响整体的完整性，从而导致抗病能力降低，引发疾病。
疾病是人体完整性的破坏。所谓疾病，是指在一定致病因素的作用下，人体健康状态遭到破坏，机体与周围环境以及机体内部各系统之间的相互关系失调，出现机能或形态等方面的异常改变的过程而言。人体本为有机整体，疾病是机体完整性遭到破坏的表现，这种破坏可以是某一脏腑、器官等单一的损害，即病变发生于局部，由局部的失调可影响到整体。如情志刺激，肝失疏泄，肝气郁结，其病位在肝，但气郁可以累及其它脏腑；也可以是整体的病理改变。如气行周身，无处不到，而气机郁滞，全身脏腑气化活动皆不能正常进行，但肝主疏泄，以气为用，故气机郁滞表现在肝尤为突出。