身体细长如鳗，分为头、躯干和尾3部分。头部前端腹面有个漏斗状的口吸盘，用以吸附在其他鱼体上营半寄生生活。口内有舌，舌端和口吸盘内壁均有角质齿以刺破鱼的皮肤获取食物。头部中央有单个的鼻孔( nostril)，其后方的皮下有一松果眼( pineal eye)，头两侧有1对无限睑的眼。每只眼后方各有7个圆形鳃孔。躯干部只有奇鳍，无偶鳍，背面有前后两个背鳍，后一个背鳍延续到尾部与尾鳍相连，这与不主动运动、适应寄生生活有关。躯干部和尾部交界处腹面有一肛门，后方为泄殖孔。尾部末端为尾鳍，其上、下鳍叶是对称的，称原尾型。
皮肤：皮肤裸露，富含单细胞腺体，能分泌黏液润滑体表，无鳞片，身体两侧各有1行小孔，是水栖动物的侧线器官。[1]
骨骼：骨骼结构原始，由软骨和结缔组织组成，没有硬骨。脊索成为支持身体的中轴，脊索的背方神经管两旁有许多小软骨片，代表了雏形脊椎骨。头骨构造也很原始，脑颅为一个不完全的软骨颅，脑顶部仅覆盖结缔组织膜。支持鳃囊的鳃笼由9对横行的软骨弧和4对纵行的软骨条相连接而成。
肌肉：肌肉很原始，体壁肌肉有“W”形的分节现象。
消化系统：口位于口吸盘的底部，由口通入口腔，口腔后为咽，咽分化出2条管道，背方的为食道，腹方的为呼吸道。七鳃鳗无胃分化，食道直接和肠相连，肠内有纵向的螺旋瓣，以增加消化和吸收的面积，肠末端为肛门。消化腺有发达的肝脏，胰脏不发达。
呼吸系统：咽分出腹面的盲管为呼吸管，其两侧各有7个内鳃孔，每个内鳃孔各与一鳃囊相通，鳃囊内有鳃丝，上有毛细血管，能进行气体交换。
循环系统：基本上和文昌鱼相似，但已出现心脏，心脏具有一心房、一心室和一个静脉窦。
排泄系统：有狭长的肾脏1对，由腹膜固着于体腔壁上，还有2条输尿管沿体腔后行，开口于泄殖窦。七鳃鳗成体的肾脏从发生上属中肾，但幼体同时存在前肾和中肾。