已知苏美人（Sumerian）是最早的养鱼者，至少在4，500年前他们就修塘养鱼；养鱼记录还可上溯到古埃及和古亚述（Assyria）。中国人早在公元前1000年就饲养食用鲤鱼，他们很可能是最早在养鱼方面取得成就的，他们对观赏用的金鱼进行选择育种的方法后来传入日本。在日本，对观赏用的鲤鱼的培育得到完善。古罗马人养鱼供食用和娱乐，他们是已知最早的海水生物贮养者；他们修建鱼塘，并注入新鲜的海水。虽然英国早在17世纪中期就能在玻璃器皿中饲养金鱼，但直到一个世纪后，人们了解了氧气和动植物的关系，养鱼缸养鱼才得以确立。
到1850年，鱼、两生动物和爬虫类的饲养对于研究自然已很有助益。水族馆一词首次出现在英国鸟类学家戈斯（Philip Gosse）的著作中。他和其他人的著作引发了公众对水生生物的兴趣。世界上第一个供展览用的水族馆于1853年在英国摄政公园（Regent's Park）对公众开放。以后，柏林水族馆、那不勒斯水族馆、巴黎水族馆相继建立。
马戏团创办人巴纳姆（P. T. Barnum）认识到商业上利用活的水生动物的可能性，于1856年在美国纽约博物馆开设第一家供展览用的私营的水族馆。到1928年，全世界共有公立或私营的水族馆45所，此后，发展速度减慢，直到第二次世界大战后才出现了几个新的大型水族馆。在亚洲，第一座水族馆建于1930年，中国的青岛水族馆在蔡元培、杨杏佛等人倡议下，靠社会募捐建立。[1]
世界上许多城市都设有公立的以及营业性的水族馆。另一类水族馆则是主要以科学研究为目的，其中最著名的有那不勒斯水族馆、摩纳哥海洋学研究所的水族馆、英格兰普里茅斯（Plymouth）海洋生物站的普里茅斯水族馆以及加利福尼亚州拉霍拉（La Jolla）的斯克利普斯（Scripps）海洋学研究所的水族馆。还有一类水族馆则是在各世界博览会和展览会上供展览用的临时性的水族馆。
佛罗里达海洋世界（Marineland）是第一个大型海洋水族馆，于1938年向公众开放，为一私人企业；其特点是使用巨型鱼类水箱和经过训练的海豚。加利福尼亚帕洛斯弗迪斯（Palos Verdes）的太平洋海洋世界以及迈阿密的海洋水族馆都与此相仿。这一类型水族馆的特殊价值在于其巨型水箱，每个容量达一百万加仑，各种鱼类放养其中，并不分隔开。而在正式的水族馆中（如芝加哥的谢德水族馆（Shedd Aquarium）），不同种类的鱼是分隔开的。
至1970年，世界水族馆名录上已载有 468个水族馆。