为了贯彻落实《全民科学素质行动计划纲要实施方案（2011-2015年）》、《国家中长期教育改革和发展规划纲要(2010-2020年)》以及国务委员2012年1月17日在《全民科学素质行动计划纲要》实施工作汇报会上的讲话精神，充分发挥高等院校在科学普及和提高公众科学素质方面的重要作用，促进高校与普通高中合作，创新人才培养模式，为培养科技创新后备人才和中国特色社会主义合格建设者服务。
全国青少年高校科学营由中国科协、教育部共同主办，中国科学院为支持单位，为落实《国家中长期教育改革和发展规划纲要》精神，旨在充分开发开放科研单位、企业的科技教育资源，让广大青少年了解科研单位、企业在国家经济发展和国防建设中的重大作用，感受科技魅力、科学家精神，进而培养对科学研究的兴趣，并增进海峡两岸及港澳地区不同民族青少年间的友谊。[3]
2012年，由中国科协、教育部共同主办，中国科学院为支持单位，有关高校、各省级科协和教育厅（教委）承办，在部分有条件的重点高校开展青少年高校科学营试点活动。
2012年暑期，全国青少年高校科学营试点活动在41所全国重点高校内开展，共计约5000名左右高中学生参加，活动时间为7天左右。营员一般应选择全国各地热爱科学的高中生。[4]
截至2017年累计招募58125名中学生，组织院士专家讲座1263场，开放国家级、省部级重点实验室1752次。[2]
2018年7月17日，来自海峡两岸暨香港、澳门的2530名中学生和带队教师齐聚北京航空航天大学，参加2018年青少年高校科学营全国开营式暨北京营开营活动。[2]
2023年7月18日，上海交大海洋学院院长周朦教授为“科技梦·青春梦·中国梦”2023年青少年高校科学营上海科学营营员们开启了科学营的第一堂“公共课”——“海洋与人类文明”。[8]
2023年7月21日，由内蒙古科协、教育厅共同主办的2023年内蒙古青少年高校科学营活动内蒙古农业大学开营仪式举办。[9]
全国青少年高校科学营承办高校总数为41所，以清华大学和北京大学为首，均为全国重点大学，其中包括35所“985工程”重点建设高校、5所“211工程”（985平台）重点建设高校、1所特殊类型高校（中国科学院大学）。其中，5所“211工程”（985平台）重点建设高校分别为：西安电子科技大学、北京科技大学、北京交通大学、华东理工大学、中国地质大学。985工程院校（除军校国防科大外）共38所，其中的35所首批入选，未入选的3所985高校为：西北农林科技大学、中国人民大学、中央民族大学。