印度僧菩提仙那与林邑僧佛彻于奈良时代随遣唐使将梵语及悉昙学传入日本。菩提仙那推动华严宗发展的同时，使日本僧侣得以直接研读梵文佛典。佛彻所著《悉昙章》成为日本悉昙学传播的重要基础[3] 。
平安初期空海编撰《文镜秘府论》，其中《九意》章节通过日本特有词汇“土马”、日语惯用音押韵方式及密教数字崇拜特征，证实了日本文化主体性[1] 。880年天台宗安然完成《悉昙藏》，系统论述梵文音韵规律并观察到晚唐汉语声调已分阴阳，与现代南方方言相似[5] [6] 。
镰仓初期悉昙学成为连结梵文、汉文与和文的媒介，形成以“三国世界观”为核心的神佛融合思想体系。该体系通过梵文、汉文与和文的同等地位，形成了日本独特的“三国世界观”（天竺、震旦、日本），隐含对抗中国文化的宗教意图[7] 。
20世纪初，持松、大勇等中国僧侣赴日习密，推动《悉昙字记》《景佑天竺字源》等中土佚籍回流。显荫《梵文宝钥》、曼殊揭谛《悉昙梵文启蒙》等著作促进学术传承，杨守敬、罗振玉父子对日本所藏悉昙古籍的搜集整理贡献显著[4] [8] 。
日本现存《悉昙藏》为汉语音韵史研究提供珍贵资料[5] [6] 。敦煌文献中《悉昙章》歌辞印证了梵汉文化交融[9] 。梵语音韵体系直接影响五十音图创制，词汇“カワラ”“ダンナ”融入日语词汇[2] 。
悉昙学的图片