早期历史
从法理上说，这块地方并不属于德意志神圣罗马帝国的疆界范围，只是因为后来勃兰登堡藩侯合并普鲁士公国，勃兰登堡-普鲁士作为整体才成为德意志第一帝国的一部分。
在中世纪早期，普鲁士这块地方是蛮荒之地，古代的居民为古普鲁士人，所使用的普鲁士语属于波罗的语族，与拉脱维亚人和立陶宛人属于同一种族。928年，勃兰登堡就已经由萨克森公爵捕鸟者亨利建城，此后在不同的家族之间继承和易手。
12世纪时，德意志人的殖民运动开始进入波罗的海东岸地区。
1170年，波美拉尼亚的索比斯劳公爵在普鲁士地区建立了第一个殖民地，即但泽附近的奥利瓦修道院，1224年该修道院被古普鲁士人焚毁。
1226年，波兰王国国王之子、马佐维亚公国首领康拉德公爵（条顿骑士团成员）的领地也遭到古普鲁士人袭击，以此为契机，条顿骑士团在普鲁士地区发动了为时近200年的东征运动，先后建立托伦、马林堡、库尔姆、埃尔平等要塞，征服了普鲁士人居住的地区，普鲁士成了条顿骑士团的地盘，德意志人、波兰人、立陶宛人和欧洲其他种族纷纷前来移民。条顿骑士团迫使其皈依基督教，使用德语。
条顿骑士团统治下的普鲁士地区在名义上属于教皇领地，但教皇只享有名义上的宗主权。为了吸引定居者，条顿骑士团依据汉萨同盟法律，在其领土上兴建了一系列自由市。
1379年条顿骑士团加入汉萨同盟。
1370年波兰王室绝嗣，1386年波兰国王的女儿海德维希与立陶宛大公缔结婚约，波兰与立陶宛联合，此后对扼守其出海口的条顿骑士团发动了一连串的进攻。
在1410年7月15日的坦能堡战役中，条顿骑士团败于波兰和立陶宛联军，被迫签订第一次托伦和约，除赔款600万格罗申外，还将但泽城置于波兰主权之下。
1466年条顿骑士团再度战败于十三年战争，在第二次托伦和约中被迫割让包括但泽和马林堡在内的西普鲁士。这些地区被称为“王室普鲁士”（Royal Prussia）。条顿骑士团保留普鲁士的残余领土，但被迫效忠波兰国王，成为波兰的附庸国。
16世纪后，普鲁士人同化于德意志人，所使用的普鲁士语也逐渐消失。