隋开皇九年（589年）设立端州，端州始得名。宋徽宗赵佶登基前曾封端王，其封爵地为端州。当时，广东转运使燕瑛向宋徽宗提议改名肇庆，寓意开始带来吉庆之意。宋政和八年（1118年），宋徽宗亲书“肇庆府”三字赐予肇庆，“肇庆”由此得名并沿用至今。[157]
肇庆市是远古岭南土著文化的发祥地之一。距今14万年左右，肇庆已有人类活动；距今1万年左右，这里已开始向新石器时代过渡；大约5000年前，肇庆的先民已有锄耕农业、家畜饲养业、编织业以及较先进的制陶业。[23] 秦朝前，现肇庆区域属百越地。[83] ，当时聚居在广东地区是被称为“南越”（百越的一种）的少数民族，包括壮族、畲族、黎族等。[202][201]
秦始皇三十三年（前214年），秦平定百越，建南海郡、桂林郡及象郡。时所置四会县为广东省4个最早建制县之一，区城含现高要区、四会市和广宁县的全部及怀集县的一部分，还包括今江门市东半部、佛山市三水区西半部;隶南海郡。德庆县和封开县域属桂林郡。[83]
西汉元鼎六年（前111年），区域所设置的广信、高要、端溪、封阳等县隶属苍梧郡；四会县隶属南海郡统属交趾刺史部。东汉建安二十五年（220年）行政区划承袭西汉，改属交州。西晋太康三年（282年），此区划属广州。四会县隶南海郡；广信、端溪、高要3县隶苍梧郡。东晋永和七年（351年）四会县隶南海郡；广信、高要2县隶苍梧郡；端溪县隶晋康郡；统属广州。东晋元熙二年（420年）置封兴县，属晋康郡。[83]