早年丧父。15 岁入博洛尼亚大学学医，受教于 A.M.瓦尔萨尔瓦。他善于进行解剖观察，并重视使用显微镜,因此,后世把 M.马尔皮吉、瓦尔萨尔瓦、I.F.阿尔贝蒂尼及莫尔加尼称为解剖学派。1701 年，莫尔加尼获博士学位并留校当瓦尔萨尔瓦的助手。1704 年与瓦尔萨尔瓦合著《论人耳》，1705 年发表论文《解剖杂录》，文中记录了气管内腺体、尿道内腺体等一些重要发现。其后他连续发表了不少文章。1711 年，他在帕多瓦大学任理论医学讲师，1715 年任该大学解剖学教授。1761 年发表他一生中最重要的著作《疾病的位置与病因》，该书收载了几百个病例 其中对不少病例,从临床症状、死前情况到尸解发现，都作了详细记录。文艺复兴后，不少人致力于寻找尸解发现与临床症状之间的联系，但只有他系统深入进行了这一工作，他用大量的实例，有说服力地证明症状与体内病变的关系。因此被誉为“病理学之父”。