1743年4月13日，托马斯·杰斐逊出生于弗吉尼亚州阿尔贝马尔县夏洛茨维尔一个富足兴旺之家，在十名手足间排行第三（有两名小产）。[3] 托马斯·杰斐逊1791年的画像
1748年，托马斯·杰斐逊在吐卡霍进入英语学校开始上学。[3]
1752年，托马斯·杰斐逊进入苏格兰教士威廉·道格拉斯（William Douglas）所经营的道格拉斯拉丁语学校，学习拉丁文、古希腊文、以及法文。[3]
1757年，托马斯·杰斐逊的父亲去世，留下了一大笔遗产：近八千英亩土地和一百余名奴隶。根据父亲的遗嘱，杰斐逊成年后将成为这笔产业的主要继承人：约五千英亩（约20平方公里）的土地及数十名黑奴。父亲在遗嘱中还特别叮嘱杰斐逊要接受最好的教育。[4]
1757年，托马斯·杰斐逊进入詹姆斯·莫里牧师的学校就读，在这里，杰斐逊主要学习语言、古典文学及舞蹈等科目。虽然有所获益，但他不满意莫里先生刻板的教学方式，遂萌生了进入威廉斯堡的威廉与玛丽学院学习的念头。[4]
1760年3月25日，托马斯·杰斐逊进入威廉斯堡的威廉与玛丽学院哲学系学习，在校期间，威廉·斯摩尔（William Small）教授对杰斐逊产生了巨大影响。斯摩尔的主业在自然科学方面，但人文社会科学方面的学识也相当渊博。从他的身上，杰斐逊不仅学到了科学知识，而且掌握了科学的思维方法。[4]
1762年，托马斯·杰斐逊从威廉与玛丽学院毕业，随后进入乔治·威思（George Wythe）的律师事务所学习法律。[3]
1765年3月，英国政府颁布印花条例的消息传到北美殖民地，5月，托马斯·杰斐逊到弗吉尼亚议会听帕特里克·亨利做反印花条例的演讲，深受影响。[3]