Flor的基因对基因假说， 通过研究亚麻和亚麻锈菌的小种特异抗性时提出的。[1] [1] 迄今已被证明至少适合于几十种不同的植物———病原互作系统所致的病害。其基本内容为:病原与其寄主植物的关系分亲和及不亲和两种类型,亲和与不亲和病原分别含毒性基因(Vir) 和无毒基因(avr) ，亲和与不亲和寄主分别含感病基因(r) 和抗病基因(R)。当携带无毒基因的病原与携带抗病基因的寄主互作时，二者才表现不亲和，即寄主表现抗病；其它情况下，二者表现亲和，即寄主感病。寄主与病原间的非亲和性互作关系取决于病原产生的无毒(或非之亲和) 因子的变异性和寄主对该因子的敏感性,无毒因子通过改变寄主的生理特性而起作用。亲和性与不亲和性：亲和性是指建立一种有利于病原物的寄主植物与病原物的互作，而非亲和性互作则不能建立这样的相互关系。
“基因对基因”假说的生物化学基础就是R基因产物和Avr基因产物的直接作用（Bos et al., 2003）
Vander Biezen和Jones于1998年将基因对基因假说发展成保卫假说（guard hypothesis），将抗病蛋白认为一个主动监视病原无毒蛋白或其在植物体内作用底物的防御因子