保安族的族称来源于原居住地——青海省同仁县隆务河边的保安城。 保安族邮票
据记载，保安族大约自明朝初年起，居住在保安城、下庄、尕撒尔（当时俗称“保安三庄”）一带，自称“保安人”，周围的土族、藏族称其为“回回”。清同治元年迁徙到甘肃省积石山地区。
历史上，历代统治者不承认保安族是一个单一民族，一直称其为“保安回”、“番回”。
新中国成立后，根据本民族意愿，中华人民共和国政务院于1952年3月25日正式批准“保安族”为单一民族[2] 。
关于保安族的族源和形成，由于史料缺乏，尚未形成统一的定论。主要有蒙古人为主说、回族为主说和色目人为主说等。
蒙古人为主说。根据保安族的传说、语言特点和类似蒙古族的某些生活习俗方面来看，保安族可能是元明时期一批信仰伊斯兰教的蒙古人，在青海同仁一带驻军垦牧，同周围的回、汉、藏、土各族长期交往，逐步形成的一个民族。
回族为主说。持此观点者多是从保安族与回族有关的传说来追溯其源流的。有认为保安族是从四川保宁府（今阆中市）或南京等地迁至青海同仁一带的“回民”，与当地其他民族结亲落户融合发展而形成的；有认为从陕西、甘肃临夏等地派往保安地方屯垦守边的回、汉“营伍人”（即戍边部队），落户定居发展而成保安族；还有认为是临夏大河家地方的“回回”，因长期在同仁等地经商，后落户定居发展形成了保安族。
色目人为主说。认为保安族原先居住过的青海同仁地区，早在汉、唐之际，曾先后为西羌、吐谷浑、吐蕃的属地。1032年，李元昊建立西夏政权后，其势力也涉及同仁地区。辽、金时期，女真人控制了黄河流域的广大地区，其影响直达包括同仁在内的积石州境域。13世纪初，成吉思汗在统一大漠南北蒙古诸部以后，进行大规模的西征。在西征过程中，将中亚诸国大批被俘的青壮年编入“探马赤军”，协助蒙古军队作战。这些人包括回回、哈剌鲁、康里、阿儿浑、撒尔塔、汪古等多种人，大部分信仰伊斯兰教，当时被通称为“色目人”（意为“各色各目”）。1225年，成吉思汗由中亚回师蒙古，这批信仰伊斯兰教的色目人又随蒙古军队进入并留牧西北等地。1227年，蒙古军队灭掉西夏，并渡河攻打积石州，占领了包括同仁在内的河州地区。1247年，西藏萨班会见蒙古太子阔端后，蒙古军队与西藏的往来随之频繁。从此，同仁一带成为兵家过往的交通要道，同时成为沟通内地与西域贸易的据点，驻扎着包括中亚诸国人在内的蒙古军队。1259年，元世祖忽必烈统一全国后，随着战争的减少，遂将“探马赤军”编入民籍，就地驻扎屯垦，允许他们娶妻生子，成家立业，成为“民户”。从此，在同仁一带戍边屯垦的军士，就成为保安族的“先民”[2] 。