1973年经教育部批准，厦门大学历史系成立考古专业，依托人类博物馆的技术设备成立“考古技术实验室”，开设文物修复、文物拓片、考古绘图、考古测量、文物摄影等实验教学项目。同时，设立考古校外实践基地，先后在湖北江陵纪南城、江西清江（今樟树）筑卫城、江苏武进断山墩、福建闽侯昙石山、福清东张等地开展田野考古发掘实习。1984年，厦门大学人类学系正式成立，下设人类学与考古学两个专业，在原博物馆考古技术实验室、田野实习基地的基础上，正式设立“考古人类学实验中心[2] ”。1993年考古专业并入历史系，但中心的跨学科建置和服务于考古学、人类学、历史学等多学科实验功能始终没有改变，初步形成“人类博物馆”、“考古技术实验室”和校外实践基地组成的三位一体的实验、实践教学体系。
近10年来，在学校的统一规划下，通过实验教学改革，中心充分挖掘厦门大学海洋考古与人类学（民族学与考古学整合）教学研究的传统特色，本着资源共享的原则，发挥我校海洋与环境科学、生命科学等学科优势，新建海洋考古技术实验室、田野勘察与影像考古实验室、环境考古实验室、体质人类学实验室，充实金相、微痕、出水等文物保护实验功能。在国家文物局和相关省、区文物和工程建设部门的支持下，先后在江西清江（今樟树）吴城、新余拾年山、靖安老虎洞、福建崇安（今武夷山）汉城、广西合浦草鞋村、“三峡工程”与“南水北调工程”系列考古遗址等建立相对固定的田野考古实习基地，在福建宁德金涵畲族村、华安仙都高山族村、连城培田、平和九峰、武夷山下梅等汉人村落建立相对固定的人类学田野调查点。中心并先后投入1387万元加强中心及博物馆的硬件设施建设，加强实验师资和专业队伍的培训，中心的软、硬件设施建设又上了一个新的台阶，实验教学功能获得了明显的扩大与完善。中心依托厦门大学考古学、人类学、历史学深厚的人文学术传统，以及海洋与环境、生命等自然和工程科学的强大学科背景，依托科研，服务教学，已经形成由海洋考古技术、文物保护技术、田野勘察与影像考古、体质人类学、环境考古等校内系列专题实验室，并与人类博物馆现场教学、校外田野实践教学基地组成的三位一体的实验教学体系。考古人类学实验教学中心已经成为厦门大学人文学科中建置最完善、设备最齐全、功能最全面的实验教学中心之一，是我国南方高校历史最悠久的、拥有三位一体的完善建置与功能的考古类实验教学机构，也是我国高校中少有的以海洋考古和考古人类学为特色的考古学实验教学基地。