1885年，德国奥地利儿科医生特奥多尔·埃舍里希（Theodor Escherich，1857年11月29日—1911年2月15日）尝试找出霍乱病原时，他在健康人的粪便中分离出了这种生物，由于它存在于结肠（colon）中，便将其最初命名为“Bacterium coli commune”。[6] 特奥多尔·埃舍里希（Theodor Escherich）
注：原核生物的早期分类根据其形状和运动性将其分为少数几个属，在当时Ernst Haeckel对原核生物界（Monera）已经存在细菌的分类。
在对细菌属（Bacterium）进行修订后，Migula于1895年将其重新归类为“Bacillus coli”，后来由Aldo Castellani和Albert John Chalmers将其重新分类为新创建的埃希氏菌属（Escherichia），以其最初的发现者的名字的屈折语尾而拉丁化命名，省略属名后也常以E. coli表记。[11]
大肠杆菌属（Escherichia）属于为肠杆菌科，但肠杆菌科的学名不是“Escherichiaceae”，而是“Enterobacteriace”。[16]
大肠杆菌是一种两端钝圆、能运动、无芽孢的革兰氏阴性、兼性厌氧、杆状、大肠埃希氏菌属细菌，常见于小肠下部的温血生物。[5] 大多数大肠杆菌的菌株是无害的，无害的菌株是动物肠道中正常寄居菌，会制造维生素K、防止肠道中其他致病菌的生长，对人体有益。但其中很小一部分在一定条件下引起疾病，某些血清型（EPEC、ETEC等）大肠杆菌会在其宿主中引起严重的食物中毒，并且偶尔会导致产品召回的食品污染事件，这主要是由特定的菌毛抗原、致病性毒素等感染引起的，除胃肠道感染以外，还会引起尿道感染、关节炎、脑膜炎以及败血型感染等[1] 。 大肠杆菌为两端钝圆的短小杆菌，此菌多单独存在或成双。
大肠杆菌经常透过粪便排放而散布到环境中，它们会在新鲜的粪便且氧气充足的环境中大量孳生约3天，之后菌数就会下降。[15]
这种细菌可以在实验室环境中轻松、廉价地生长和培养，被广泛用于生物实验中基因复制和表现的宿主。[12] [13] 大肠杆菌也是一种化学营养型，其化学成分确定的培养基必须包含碳源和能源。大肠杆菌是研究最广泛的原核模式生物，也是生物技术和微生物学领域的重要物种，在重组DNA的大部分工作中，它都是宿主生物。在有利的条件下，复制只需 20 分钟[14] 。