十三陵自明永乐七年（1409年）开始营建，及至清代顺治初年，前后长达230多年。先后建造了13座金碧辉煌的皇帝陵墓，依次建有成祖长陵、仁宗献陵、宣宗景陵、英宗裕陵、宪宗茂陵、孝宗泰陵、武宗康陵、世宗永陵、穆宗昭陵、神宗定陵、光宗庆陵、熹宗德陵、思宗思陵。[8]
13座陵墓中，永乐帝的长陵、嘉靖帝的永陵和万历帝的定陵，均是生前所建，规模亦最大，其余陵墓则是死后才动工，大约会用半年修建。崇祯帝因为是亡国之君，并没有正式建陵，现时的陵墓是以其妃田氏的墓穴改建。
清政权清点明代帝王陵寝，并给予了一定程度的保护，从顺治到乾隆，也有不同程度的修缮。晚清随着政权衰微，陵墓区域修缮和保护逐渐废弛，但主体墓葬群冢均保存完好。
1955年，时任北京市副市长、明史学家吴晗经与时任中国科学院院长郭沫若商议后，报请国务院挖掘十三陵中的长陵，经时任国务院总理周恩来批示同意发掘。同年，由吴晗、郭沫若、沈雁冰（茅盾）、邓拓、范文澜、张苏、夏鼐、郑振铎、王昆仑所组成的“长陵发掘委员会”成立。9月，十三陵地区由当时的昌平县改隶北京市园林局。
1956年，决定改为“试掘”定陵。1957年打开定陵地宫。1959年文化部文物局批准成立定陵博物馆。但由于技术和认识的落后，包括帝后棺椁在内的许多文物在出土后被损毁。
1966年，文化大革命开始后兴起“破四旧”运动，十三陵很快成为波及的一处区域。大量定陵出土文物被从北京城区前来“串联”的红卫兵毁坏。8月24日，万历皇帝和孝靖、孝端皇后的遗骸，被定陵博物馆的“造反派”团伙在定陵大红门前广场公开焚毁。