在花卉的颜色改良方面，科学家们已经克隆到了多个与颜色相关的花卉基因。比如：科学家已经利用转基因的技术在矮牵牛花中，已经克隆到了两个能使花趋向于显蓝色的基因，转基因技术也可以使人们培育出珍稀的蓝色月季和康乃馨。另外，科学家们利用转基因技术，已经在矮牵牛、菊花等观赏花卉中成功地进行了花色修饰。比如法国分子生物学家将几个不同花色的基因分别导入开红花的矮牵牛中，结果得到了开粉红色和白色花的矮牵牛，甚至还得到了白色花中有一小抹红色或红色花中有一小抹白色的奇特矮牵牛。
在花卉的香味、形状、大小、质地等品质性状研究方面，由于涉及的物质极其多样，代谢途径也非常复杂，所以研究起来很困难。但是也取得了一些令人振奋的突破性进展。比如生物学家皮斯用发根农杆菌转化柠檬天竺葵，发现转化植株中芳香族物质有显著提高，花朵散发出迷人的甜香味，植株矮化，枝叶更繁茂。1996年底，华裔科学家罗达与其合作者一起利用克隆技术克隆到了一种控制花朵形状的基因，并发现这种基因和另一种基因在一起会对花朵形状的形成起关键作用。此类基因发挥作用时，金鱼草的花就发育成不规则形；发生变异时金鱼草的花就发育成规则形。这一研究对揭示基因如何控制花的形状提供了可参考的信息，同时还是用来培育形状独特的珍奇花卉参照资料。 新奇的转基因花（花苞）
人们一直梦想着可以得到开不败的鲜花，因而如何延长花卉的保鲜期一直是科学家们研究的热门课题。花卉保鲜主要是加入保鲜剂，或者用低温冷藏、气调贮运等方法，但是这些方法不仅效果不好，而且保鲜剂基本上都有毒性，温控、气调的设备等成本又太高。所以有关花卉衰亡基因及基因工程的研究就十分活跃，其中研究得比较成功的例子是围绕乙烯与花卉衰老的关系而进行的研究。乙烯是内源衰老激素，各种花卉对乙烯都有一定程度的敏感性，有很多商品价值较高的观赏花卉对乙烯非常敏感，如康乃馨、满天星、百合花、卡特兰等等，甚至极少量的乙烯也会使这些敏感花卉枯萎凋零。现如今已经先后克隆到了一些与乙烯合成相关的基因，并且已经有多个实验室报道获得了转基因的抗衰老花卉。特别令人振奋的是，1995年澳大利亚花卉基因公司生产的各种的鲜花，因为可长久保存在澳大利亚被获准上市，成为世界上第一个获准上市的转基因花卉。