据研究,中国的活性污泥中,最常见的纤毛虫种类有小口钟虫(Vorticella microstoma)、沟钟虫(Vorticella convallaria)、八钟虫(Vorticella octara)、领钟虫(Vorticella acquilata)、瓶累枝虫(Epistуlisurceolata)、褶累枝虫(Epistуlis plicatilis)、节累枝虫(Epistуlis articulata)、 集盖虫（Opercularia coarctata）、微盘盖虫(Opercularia microdiscum)、彩盖虫(Opercularia phrуganeae)、螅状独缩虫(Carchesium polуpinum)、有肋楯纤虫 (Aspidisca costata)、盘状游仆虫(Euplotes patella)、卑怯管叶虫(Trachelophуllum pusillum);肉足虫类有蛞蝓变形虫(Amoebalimax)、点滴简变虫(Vahlkampfia guttula)、小螺足虫(Cochliopodium minutum); 鞭毛虫有尾波豆虫(Bodo caudatus)、梨波豆虫(Bodo edax)、粗袋鞭虫 (Peranema trichophorum)；轮虫有转轮虫(Rotaria rotatoria)、红眼旋轮虫(Philodina erуthrophthalma)。
在活性污泥培养和驯化阶段，微型动物出现的种类，表现出有规律的顺序性。最初出现小的鞭毛虫和根足虫，然后出现吃细菌的纤毛虫。细菌大量繁殖并开始形成絮状物后，占优势的是自由生活的纤毛虫，并出现爬行的下毛目(Hypotrichida)种类。随着生物处理逐渐显出效果，又出现有柄的纤毛虫种类。纤毛虫出现的顺序大体是全毛目(Holotricha)→异毛目(Heterotrichida)→下毛目→缘毛目(Peritricha)。在有柄纤毛虫出现前，轮虫也开始出现。在废水处理的运转过程中，如果鞭毛虫和根足虫大量出现，多半表示处理效果下降。
生物监测是系统的利用生物反应来评价环境的变化。
监测原理
水体受到污染后，水生生物的群落结构和个体数t就会发生变化，最终结果是敏感生物消亡，抗性生物旺盛生长，群落结构单一。应用微型生物对水体进行污染监测是生物监测的一种重要手段。
它们能直接或间接地把污染物作为营养源，在分解有机物的过程中，把一部分物质用于合成细胞原生质，一部分变为代谢产物，并放出能t，以供给微生物的原生质合成与生命活动，这样既满足了微生物自身生长的需要，又使污染物降解，从而使污染的水体得到了净化，这就是水体自净的基本原理。