2002年被农业部等九个部门认定为“农业产业化国家重点龙头企业”。
2003年1月成为全国第二批农业产业化国家重点龙头企业。
2003年11月，好德便利店门店数突破1000家，在第五届连锁业会议暨上，好德便利店荣获连锁业“最佳店铺奖”
2004年9月，农工商超市集团的三家“伍缘折扣店”同时开张，填补了沪上商业业态空白。
2005年月，农工商超市集团门店总数已达1600家。
2006年，总面积达13.5万平方米的好德物流一期工程将投入运行。面积达40万平方的集团总部118大型生活广场分三期开工建设。
2006年，农工商超市集团门店总数已达1900家。
2006年，农工商集团列上海服务业2006年百强企业第12强。
2007年6月，好德物流二期工程，迄今国内单体面积最大的物流中心好德常温物流中心开工建设将在2008年建成。
2007年10月，全球最大的酒店集团——英国洲际集团的五星“皇冠”入驻农工商超市集团投资兴建的118广场圣诺亚酒店
2007年12月，农工商超市集团以2.8亿元转让中国便利店行业中成立最早的公司之一的上海可的便利店有限公司的全部股权。可的便利店遍布上海及长江三角洲21个大中城市的1200多家门店。合并后可的便利和好德便利的门店总数达2500多家进一步巩固了便利店行业的重要的市场占有地位。
2008年1月，农工商超市集团12万平方米的新118店大卖场和综合商业大楼正式投入营业。
2008年4月-6月，农工商超市集团和下属的 好德便利、可的便利、伍缘折扣、好德企业全部搬迁进入金沙江路新集团总部 。
1994年成立上海市农工商超市总公司，2000年5月改制为“上海农工商超市有限公司”，2004年5月更名为“农工商超市（集团）有限公司”，以该企业为核心组建的企业集团名称为“农工商超市集团”。公司创办人杨德新，现任公司董事长兼总裁。2002年，公司在上海市统计局等单位发布的第二届“上海企业百强”中名列第12位。
2020年9月，上海市委、市政府决定，授予其“上海市抗击新冠肺炎疫情先进集体”称号。[1]
2021年9月29日，被国家粮食和物资储备局认定为第一批国家级粮食应急保障企业。[2]