16世纪初，格鲁派受藏巴汗王迫害，处境困难，那曲、安多一带的僧人为满足藏北牧民宗教生活的需要和解决个人生活来源，每年夏季在那曲附近搭设帐篷进行佛事活动，形成季节性帐篷寺庙。清康熙十三年(1674)藏北天花病流行，清圣祖拨专款救济。为此，色拉寺活佛到那曲地区主持为康熙皇帝祈福延寿的大型法会，五世达赖将负责该项活动的组织命名为“孝登措巴”，故该帐篷寺庙被称为孝登寺[2] 。
嘉庆十九年(1814)扩建时，修建了12根柱子的石木结构大经堂，落成时，摄政第穆呼图克图赠文成公主进藏时带来的释迦牟尼铜像一尊和《甘珠尔》一部，并以九世达赖名义命名该寺为“孝登珠丹德吉林”。光绪三十年（1904）扩建后，成为那曲地区最大格鲁派寺庙。十三世达赖1908年从北京返回时曾在寺内住了一个多月，并授意该寺可在每年藏历1月4日举行传昭大法会[2] 。
1982年，国家拨款10万元人民币对孝登寺进行了维修[3] 。
班禅额尔德尼·确吉杰布曾于2016年、2019年、2024年3次前往孝登寺礼佛，并为信众摸顶赐福[5][6][7] 。 孝登寺僧众恭迎十一世班禅
主要建筑有大经堂、强巴佛殿、文殊菩萨殿、护法神殿等。寺内设有显宗学院和密宗学院，每年藏历九月进行格西学位考试。现有三层楼大经堂、佛殿及僧舍等，占地面积4万平方米，寺内收藏释迦牟尼铜像和高10米的金铜佛像及各种镀金佛像、响铜噶当佛塔、古经书、唐卡、各种法器等[2] 。
该寺有2个扎仓：即米扎仓夏珠江赞贡贝林，简称“米尼扎仓”；和局巴扎仓萨旺贡堆艾康里谢林，简称“局巴扎仓”[1] 。
共5张 孝登寺
宗教文化活动非常活跃，每年藏历元月会举行大法会，祈祷世界和平、祖国繁荣昌盛、民众安居乐业；藏历八月，则举行“明珠节”。“明珠节”当年由五世珠康活佛兴起，这位学医的活佛，要在每年的这个节日，把配好的藏药，请高僧念经祈祷加持开光，7天后送给群众[4] 。
2013年被国家宗教事务局评为第二届全国创建和谐寺观教堂先进集体，2022年被中央统战部评为全国宗教界先进集体[8] 。