上新世的海豹科成员要比晚中新世的更具多样性 , 海豹亚科主要集中在北大西洋东部 , 而僧海豹亚科成员主要分布于北大西洋西部 , 当时北大西洋东部的气候要较北大西洋西部的要较寒冷 , 同时美洲中部的海道封闭 , 北赤道暖流(North Equatorial Current)偏向北移 , 和暖的湾流(Gulf Stream)增强 , 这些气候因素都是导致海豹科于上新世的分布 。于北大西洋东岸曾存活了不少海豹亚科成员如同时生活于上新世时期美国北卡罗莱纳州及比利时的古新海豹Paleophoca nystii 及扁海豹Platyphoca vulgaris , 上新世比利时的似斑海豹 Phoca vitulinoides及小内尔斑海豹Phocanella pumila , 似斑海豹 Phoca vitulinoides最初被发现于1871年 , 它的骨骼是被发现于安卫普塔上新世中期地层 , 属于大型海豹亚科成员 , 形态和港海豹 Phoca vitulina(成年雄性能达1.8米)相似 , 但是似斑海豹Phoca vitulinoides的寰椎(atlas,第一颈椎), 距骨及尺骨等骨骼上要比髭海豹 Erignathus barbatus(平均长2.4米至2.5米 , 髯海豹最大可达2.7米)来得大。另一种同样发现于比利时上新世中期地层的海豹亚科成员是小内尔斑海豹Phocanella pumila , Phocanella minor是它的同物异名 , 小内尔斑海豹Phocanella pumila形态和斑海豹 Phoca largha 相似。 内尔斑海豹属Phocanella还有生活于法国的库氏内拉斑海豹Phocanella couffoni , 它全长可达2.5米 , 于法国还发现了另一种史前海豹亚科成员掌状海豹Palmidophoca callirhoe的破碎下颌骨及股骨化石 , 它全长约1.8米。英国晚上新世地层也发现了史前海豹属种摩尔海豹Phoca moori 的左肱骨 , 它的左肱骨形态和似斑海豹Phoca vitulinoides的相似 , 但摩尔海豹Phoca moori的左肱骨要较细小及苗条 。

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