撒玛利亚山是暗利向这地原有的部族撒玛买回来的。他将他的新首都建于此地（王上十六24）。该处的村落所属的年代显然最少可追溯到主前十世纪，又或是十一世纪。她成了复兴之王国的中心，并享有新建之暗利王朝的威望。然而，撒玛利亚易受围攻；叙利亚的便哈达（亚兰的大马色）曾联同32个王上来攻击她（王上二十），但以色列人成功将他们驱逐（1-21节）。亚哈之子约兰作王时，派遣哈达再来攻击撒玛利亚（王下六24至七20），漫长的围困，差点攻陷了这城。 撒玛利亚残片铭文
经过一连串的战役，以及耶户兴起政变，吩咐杀掉撒玛利亚的巴力众祭司（王下十18-28），遂使这城在耶户的子孙治理下，重归耶和华的名。然而，在约哈斯作王时，撒玛利亚仍然有百姓敬奉亚舍拉（王下十三6）。叙利亚在军事上依旧占有优势（王下十三7）。
在主前八世纪期间，以色列蒙神眷顾（王下十三14-25）；在耶罗波安二世时，撒玛利亚非常繁荣兴旺（王下十四23-28；摩三10、15，四1，六1、4-6）。在主前八世纪末后，以色列的内哄（王下十五）使王国面临亚述人的侵夺（29-31节）。最后，加利利、外约但，甚至可能沿海平原，都已失陷被掳后，撒玛利亚也落入撒珥根二世的手中（王下十八9-12）。在随后的数十年间，外邦被掳的人也迁徙到该地。
在波斯时期（主前六至四世纪），撒玛利亚是一个行政中心，由领导阶层管治，其中包括多位名叫参巴拉（例：尼二10及其它）的人。当中的撒玛利亚人口，虽视他们自己为以色列的一分子，却受到犹太人排斥（斯四1-3）。其后，伊里芬丁的犹太人需要在埃及重建圣殿时，却向撒玛利亚人寻求帮助。
亚历山大大帝在主前331年来到利云特时，撒玛利亚人初时曲意逢迎（约瑟夫：《犹太古史》11.8.4），但后来他们却杀了他的省长（库尔提乌斯，4.8.9-10）。他们多个领袖在迪列河的洞穴避难，他们在那里连同个人文件（蒲草卷）跌落陷阱中，窒闷而死。马其顿的人迁徙就是到那地。
主前108至107年，撒玛利亚为许尔堪所管治（《犹太古史》13.10.2；《犹太战争录》1.2.7）；他毁灭了该城。庞培重建这城，其后，由迦比纽进一步修造。希律王为纪念凯撒奥古斯都（屋大维），把该城取名为凯撒利亚，并为他建了一座大殿宇。杀了他的妻子玛利暗，又勒死他的众子。第一次犹太战争期间，塞巴斯蒂亚人对罗马倒戈相向。
两队考古远征队曾在撒玛利亚展开考古工作，分别是1908至1910年的哈弗计划，以及在1931至1935年，由哈弗、巴勒斯坦发掘基金、耶路撒冷的不列颠考古学院，及希伯来大学联合进行。他们在塞巴斯蒂村的山上，发掘了古代撒玛利亚（塞巴斯蒂亚）废墟。撒玛利亚山位于盆地中央，与四周俯瞰她的山脉相隔甚远（摩三9）。 共11张 撒玛利亚考古遗址
由于该地屡次重修，以致地层非常复杂。国家的卫城四周围绕着用方石建筑的掩藏城墙，又包括了仓库及其它重要建筑物。石岩中的坑地藏有前暗利王朝时期（主前十至九世纪）的陶器碎片。