商家追求的最终目的是利润，而黄金地段、豪华装修必然带来居高不下的经营成本，为了实现利润最大化，要么高价扩大利润空间，要么薄利多销，但随着市场竞争加剧和商品信息的透明化，高定价的销售策略往往已经行不通了，而豪华的装修、同类产品的价格不可参照又容易使消费者对其定价产生过高估计，使薄利多销难以实现，于是有些旗舰店在利润与成本间很难找到平衡，这也使某些旗舰店沦落为实物展示宣传场所。
旗舰店主要有三种建店模式，一是代理商建店，一般由产品的地区代理建立，如众多的服装品牌旗舰店；二是生产商直接建店，一般是总部授权，各地分公司承建，如某些IT通讯产品旗舰店；三是集成商建店，一般是同类产品集成商自己建店，如眼镜行业的旗舰店。头两种模式往往会遇到代理商与生产商的博弈，因众多产品生产商的销售渠道呈现多元化，在同一地域范围很可能存在多个同品牌背景下的经济竞争实体，如代理商和分公司各自有不同的销售渠道，但都在同一地区销售，这势必将旗舰店置于两者博弈的焦点之上，即谁建旗舰店谁占先机，但同时旗舰店也给自己带来一定压力，如价格上灵活性下降、经营成本的增加等。
旗舰店是有着规模化倾向的商业经营模式，这对产品线的要求是比较高的，旗舰店有时是被作为证实自身实力的一种手段，或者作为品牌系列产品展示的一种途径，如果没有足够多的产品型号和种类，建立旗舰店很难实现宣传品牌的效果，甚至给品牌和商家带来实力不济的负面影响。很多商家追赶潮流不惜血本建立旗舰店，而不考虑自己产品线的容量就是不明智之举。旗舰店的困惑是诸多经济因素博弈的结果，第一个困惑的影响因素是商品信息的透明化，第二个困惑的影响因素是渠道的多元化，第三个困惑的影响因素是产品线长度，因此有效解决或不存在上述三个影响因素的品牌或商家建立旗舰店是较合适的，或者说价格可比性低、销售渠道单一、产品种类较多的品牌生产商或销售商可以考虑建设旗舰店。
首先，也是最重要的，就是员工的素质和形象，其与旗舰店甚至该品牌的形象密切相关。
旗舰店的购物环境，也必须具有特色并与其地位相匹配。为了打造时尚和个性化的品牌形象，旗舰店应该营造出充满人文情怀的购物环境，并在装修、规模、风格等方面都能十分强烈地吸引人们的视线，让顾客在不知不觉中感到自己在这里领略了美、享受了美，使其在不知不觉中感受着品牌文化，进而体验一种全新的生活理念。
“金角银边草包肚”，这是围棋开局铁的定律，同时也是商业零售业态地址选择的基本要求，但作为品牌形象展示店的“旗舰店”选址要求就更多、范围则更广：
（1）旗舰店选址要考虑商圈，即要注意商圈及周边的人口密度。实例显示要考虑核心商圈自周边一公里范围内居住的人口数量及购买水平（包括机关办公等）并辐射到3—5公里范围内居住的人口数量及购买水平。