保护区植物有37科66属89种。植被类型有针叶林、常绿落叶阔叶混交林等。针叶林有西藏长叶松林，主要分布于海拔1500一2500米之间，通常形成纯林或形成以长叶松占优势的混交林，常见的混生树种有乔松、通麦栋、吉隆缘毛杨、长叶云杉等。
西藏长叶松为常绿乔木，是喜马拉雅地区的侍有种和速生树种之一，在自然生长条件下，5年生树高一般不越过1米，在人工栽培条件下，5年生时树高可达1．8米。在中等立地条件下，长叶松林 100年生时平均高达30米以上，林分平均直径达 52厘米，每公顷株数为143株，单位蓄积量近400立方米/公顷。在优越的立地条件下，林分平均高达38米，平均直径达60厘米，单位蓄积量接近600立方米/公顷。西藏长叶松的林型较单纯，常见的有禾草长叶松林和箭竹长叶松林。前者多分布于半阳坡和半阴坡，后者多分布于向阳陡坡。阔叶树种多为栎类、械、野漆、头状四照花、合欢，灌木层种类更为丰富，常见有忍冬、锡金小荣、绣线菊、箭竹、山蚂蝗、英葫等。西藏长叶松是珍贵的经济蝴材树种，木材易加工，可用于建筑中的椽、板、门、窗、梁，也可用作细木工和装饰品的原料，可作车辆用材。通过防腐可作枕木，能持续15年以上。西部长叶松的木材是纸浆原料，树皮含单宁，还可采松脂、提炼松针油等。总之，除木材直接能被利用外，还可提供多种林剐产品。因此西藏长叶松具有综合利用的开发前景。 西藏长叶松
长叶云杉林在诲拔2000一3000米的山地有分布。下界为常绿阔叶林，上界过波到冷杉林，是云杉属在西藏分布海拔最低的树种，是喜马拉雅的另一特有种，也是在我国仅有的分布区、长叶云杉多与其他针阔叶树种形成混交林。常见的伴生树种有乔松、西藏冷杉、高山栎、长穗桦、吉隆缘毛杨以及多种械树。长叶云杉为高大乔木，植株挺拔，单株最高可达50米，树干通直，大枝平展，小枝下垂，近似塔形的囚锥状树冠美丽多姿。林分一般平均高20米、胸径31厘米，最大脑径可达160厘米。长叶云杉木材黄白色，有光泽，纹理通直，结构细而均匀，心边材区别不明显，易干燥和加工：切削性能良好，木材较耐水湿．是建筑、桥梁、枕木等的良好用材，又可用于家具和细木工装饰品。木材纤维是优良的造纸原料。它的树型美观是良好的行道树和庭园绿化树种。保护区可作为西藏长叶松和长叶云杉的原地基因库。
西藏长叶松在境外主要分布于巴基斯坦、印度、尼泊尔和不丹等地。长叶云杉见于阿富汗、尼泊尔、印度等地。这两种树种都为西藏所特有，仅分布于吉隆坟地区的江村冲色一热索桥一带。
冷杉林分布于江村附近海拔3100一3300米的山地，平均树高25米、胸径40厘米，单位蓄积量400立方米/公顷。常绿落叶阔叶林分布于海拔1800一2800米的河谷两岸，生长分散，呈疏林状。主要树种有糙皮桦、高山栎、刺桐、光叶城，以及樟科、桑科等树种、灌木有荚莲、拘子、忍冬、绣线菊等。其他有价值的树种还有喜马拉雅红豆杉、喜乌拉雅红杉(藏藩叶松)等。保护区热索附近阳坡有霸王鞭等旱生灌丛。植物区系分区属 I D8(a)。属国家保护植物三级有西藏(喜马拉雅)长叶松、长叶云杉、喜马拉雅红豆杉、假人参(藏三七)等。 冷杉