1887年10月，领土包括南圻（Nam Kỳ，亦称交趾支那 Cochinchine）、中圻（Trung Kỳ，亦称安南保护国An Nam Bảo hộ quốc ）、北圻（Bắc Kỳ，亦称东京 Đông Kinh） 、柬埔寨（Campuchia），随后在1893年的法暹战争（暹为暹罗，即泰国）中，湄公河东岸的老挝（Lào）也被收入法属印度支那联邦之中。殖民地面积741242平方公里，人口两千四百万。
法属印度支那联邦总督（越南语：Thống đốc ）是联邦中央行政首脑。开始总督拥有的权力不大，不过是一般的高级官吏，印度支那联邦行政上管理大权基本上操纵在法国国内殖民部手中，宗主国国民会议掌握着这块殖民地立法大权，联邦的总预算，税收定额，有关重大经济政策，乃至修建铁路和公路等具体方案都由法国国内决定，总督只起着收发室作用。
1891年和1898年通过的法令，赋予了总督拥有较大自主权，总督权力逐步扩大。总督在印度支那代表法兰西共和国（越南语：Pháp Lan Tây Cộng hòa quốc），总督是印度支那联邦武装部队最高司令官，联邦总预算必须根据总督指示编制。其次有关印度支那联邦法律、条例、法令等在宗主国国民会议通过后，必须由总督审核批准公布方能生效。总督还拥有下列各种权力：有权与法国驻远东各国使节接触与通讯，有权根据印度支那情况设置新的官僚机构，以及确定该行政机构的权限和管理范围。
在总督统辖下，交趾支那设副总督1人（辖南圻24个省），安南（辖中圻12个省）和东京（辖北圻23个省）分设总驻扎官2人，柬埔寨（辖14个省）设总驻扎官1人，老挝设总驻扎官1人（辖10个省和1个军事区）。这些机构各有其自治组织和独立预算。
法国殖民者为了装潢门面，还在印度支那联邦搞了所谓“民意”机关，1887年成立了仅具有咨议性质的印度支那联邦议会，总督为议会主席，当总督缺席时，由副总督或秘书长代行议会主席。
总督所辖的联邦中央殖民行政机构极为庞大，设置了不少主管各项业务的管理局，如财政管理局、税务管理局、国家专卖管理局、农业与贸易管理局、公用工程管理局等，都是法国殖民者榨取和掠夺印度支那各国人民的工具。[1]
原法属印度支那总督府