细菌分类学上，肠球菌属早期并不存在，现今的一些菌种本归属于链球菌属。肠球菌在分类学上已经过多次变迁。1930 年，肠球菌被归入 D 群链球菌。1984 年，DNA-DNA 杂交和 16SrRNA 测序表明屎链球菌（S．faecium） 和粪链球菌（S．faecalis）与其他链球菌显著不同。同年，Schle-ifer 等提出肠球菌应从链球菌中脱离出来，形成一个新的肠球菌属（Enterococcus）。到目前为止，以 16SrRNA 测序和 DNA-DNA 杂交作为分类基础，该属已增加到 28 种之多。不久之后，可能还会重新分类[3] 。粪肠球菌为该属中最常见的即为代表种。该属通常指粪便来的可以用氮钠分离鉴定的一群革兰氏阳性球菌。由于肠球菌的菌种均含有Lancefield的D群抗原，亦称D群粪肠球菌或D群肠球菌。肠球菌的DNA G+C含量33%-39%mol。
粪肠球菌属于动物肠道内的正常菌群，一般认为粪肠球菌对动物或人的机体无害，是一种共生菌。近年研究已证实，部分粪肠球菌在长期进化中出现毒力基因，可引起广泛的感染。而且由于抗生素的长期和大量不规范使用，粪肠球菌获得性耐药性不断上升，治疗粪肠球菌感染日益困难[4] 。
革兰阳性球菌，单个、成双或短链排列的卵圆形球菌，无芽孢、无荚膜[5] 。
菌形圆或椭圆，可顺链的方向延长，直径0.5-1.0微米，大多数成双或短链状排列，通常不运动。在丰富培养基上菌落大而光滑，直径1-2毫米，全缘，罕见色素[2] 。
在血琼脂平板上35℃培养18-24h，形成较小、灰白色、湿润、凸起、有α或γ溶血环的菌落。在麦康凯琼脂平板上形成较小、干燥、粉红色菌落。在脑心浸液肉汤中均匀浑浊生长[5] 。
其营养要求低，在普通营养琼脂上也可生长。能在10℃或45℃ pH 9.6或含6.5%NaCl肉汤培养基中生长，并能耐65℃ 30分钟。它可利用精氨酸为能源，发酵山梨醇，不发酵阿拉伯糖。在简单的培养基上生长不需叶酸。
触酶试验阴性，分解甘露醇，不分解阿拉伯糖，胆汁七叶苷试验阳性，在含6.5%NaCl的肉汤中生长，多数菌株PYR试验阳性，对杆菌肽耐药[5] 。
1.本菌特征
革兰阳性球菌，触酶试验阴性，在6.5%NaCl中生长，胆汁七叶苷试验阳性，45℃中生长[5] 。
2.与链球菌属和乳球菌属的鉴别